mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTGTTGTCTCAAGCTT GCTCGAGGCAACAACTGCACA CGGCGTGCCAGTTGCTGCAAGTGGAGGCGGCAAGCTCGAGGCAACAACTGCACAATTTGCAAGAATATCCCACTGCAGGCACGATGGCATTACTCCATCTGCATGGAAGCCCATGAATCCAGCCCCATTGTGCGAATTCTGGCCCGTCAATAGAGGAACACGGGTGTGTGACTAGAGACGTAGAAGTGCAAACTCTGGCCCGTCAATGGAGGAGCACGGGTTTTCGGGCCATACCGATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAACTACATAATT ATCTCTCGCCCCGCCGTGCGCCGGTTGGTGCTTGCGAAGCTTGCCTCGTTCCCCATTTGCCCATACCACGACTCACCGCCGCTCCTATCCCATCCGATTGCTCTGACCTTGATTGCGGTGTCTACCCCGACTAGGGTTTCAGCGTCGGCGTGCCAGTTGCTGCAAGTGGAGGCGGCAAGCTCGAGGCAACAACTGCACAATTTGCAAGAATATCCCACTGCAGGCACGATGGCATTACTCCATCTGCATGGAAGCCCATGAATCCAGCCCCATTGTGCGAATTCTGGCCCGTCAATAGAGGAACACGGGTGTGTGACTAGAGACGTAGAAGTGCAAACTCTGGCCCGTCAATGGAGGAGCACGGGTTTTCGGGCCATACCGATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAACTACATAATTTGAAACTACAGTCAAGTAGTGCCACATCCAGGTTTGCCAAAAGTATTTAAATAGACATGACAAGCATGGTTAATCACATGGTATTACATACATCTTCTTTCATTGAGAAATTTATACAATAAATTCCAAGCAAGGACAAAGTAACTCGAAGAAGAAAACAAGGCAGTTTAGGAAACCTTTCTTTTTCTTAATTTGAATACTTGAGTCCAGTAATTCTGTGCGAAGGTTGTCTAAGATTGTGGAGCCATCACCTATCAGACAGAATATATTTCCTTTGCCTTCCATGATGTCACCCCTAATTCTCACA 1 0 3' arm Avena_barbata mirnest MIR444 2e-27 osa-MIR444c 3e-31 -126.2 ....(((..((((.(((((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((......(((.(((((.......)))))))).)))((((((.((..(((....((((((.(((......((((((((..(((....((((....))))..)))..)))).(((.((....)))))))))))))))))).))).)).))))))((((......)))).))).)))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))).))))))).))).... (-126.2)