mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTAGAACGGAGTGAGTATT TACTCCCTCCGTTCCAAATTA GTGAACTCCCGGAACTGTAATTTTTACCGAGGTACTCCCTCCGTTCCAAATTATAAGTCACTCCAAGAATCTTGGAGAGTCAAAATTTTTCAAGTTTGACCAAATTTATATGATAAGCTAATAACATTTATGATACCAATTAAGTATTATTAGATTCTTTGTTAGCTATATTTTCATAGTGCACCTATTTGATGTCACAAATCTTTATATTTTTGTCTATAATTTTGGTCAAATTTTAAGATGGTTTGACTCTTTAAAATTCCTAGAATGACTTTAATTTAGAACGGAGTGAGTATTAGAAAGCAGTGCAGGGCGCGCTCGCTCGG TGCTACCTCTGCCATAAGTTCCAATCCTAGCAACTGCACATGGTAATTCTAGAAAGGATAAATGTGGAAGTAAAGCGCAATAAATAATATTGAAGATAAATGAAATAAAAAATGTGAACTCCCGGAACTGTAATTTTTACCGAGGTACTCCCTCCGTTCCAAATTATAAGTCACTCCAAGAATCTTGGAGAGTCAAAATTTTTCAAGTTTGACCAAATTTATATGATAAGCTAATAACATTTATGATACCAATTAAGTATTATTAGATTCTTTGTTAGCTATATTTTCATAGTGCACCTATTTGATGTCACAAATCTTTATATTTTTGTCTATAATTTTGGTCAAATTTTAAGATGGTTTGACTCTTTAAAATTCCTAGAATGACTTTAATTTAGAACGGAGTGAGTATTAGAAAGCAGTGCAGGGCGCGCTCGCTCGGGCGGGCTTCTTCCACAGCATCGCCGACACGCACGTCGCGCACCACCACTTCCCGGACATCCCCCAGACTACCACGCCGTGGAGGCCGCCCGGAACATCTGCCCCGTCGTCGGCGAGTACTACCGCTTCGACCCCACGCCCTTCGCCGAGGCGGCATGGCGGGAGGTCAAAAGGAGTGCATCTACGTCGAGCCCGACGAGGACGGACGCAAGGCCCGCGTCTTCTGGTACAGCAACAAGTTCTAGCAGAATAATGTTTTCAGATGCTGCAATAGTGAATGTTGATCTGTTCAACAGAGAAAATTACCAATCTAATTATATAGTACTGCATGCTTACTAGATATGCTGTTGTTCATGATTGTTTCCCG 2 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.00000000009 100 -92.8 .........(((..............))).(((((((.((((((((.((((((.((((((.((...((((.(((((((((((((..((((.(((((((((((((.(((((.((((((.....((.((((.(((((.(((.((.(((((((.(((.....(((.....))).))).)))))))...)).))).))))).)))).))......))))))))))).))))))))))))).))))...))))))))))))).))))...)).)))))))))))).)))))))).)))))))....((((((((.....))))).)))... (-92.8)