mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTGTCTCAAGCTTGCTGCC CGGCAAGCTCGAGGCAACAAC AGCGTCGGCGTGCCAGTTGCTGCAAGTGGAGGCGGCAAGCTCGAGGCAACAACTGCACAATTTGCAAGAATATCCCACTGCAGGCACGATGGCATTACTCCATCTGCATGGAAGCCCATGAATCCAGCCCCATTGTGCGAATTCTGGCCCGTCAATAGAGGAACACGGGTGTGTGACTAGAGACGTAGAAGTGCAAACTCTGGCCCGTCAATGGAGGAGCACGGGTTTTCGGGCCATACCGATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAACTACATAATTTGAAA ATCTCTCGCCCCGCCGTGCGCCGGTTGGTGCTTGCGAAGCTTGCCTCGTTCCCCATTTGCCCATACCACGACTCACCGCCGCTCCTATCCCATCCGATTGCTCTGACCTTGATTGCGGTGTCTACCCCGACTAGGGTTTCAGCGTCGGCGTGCCAGTTGCTGCAAGTGGAGGCGGCAAGCTCGAGGCAACAACTGCACAATTTGCAAGAATATCCCACTGCAGGCACGATGGCATTACTCCATCTGCATGGAAGCCCATGAATCCAGCCCCATTGTGCGAATTCTGGCCCGTCAATAGAGGAACACGGGTGTGTGACTAGAGACGTAGAAGTGCAAACTCTGGCCCGTCAATGGAGGAGCACGGGTTTTCGGGCCATACCGATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAACTACATAATTTGAAACTACAGTCAAGTAGTGCCACATCCAGGTTTGCCAAAAGTATTTAAATAGACATGACAAGCATGGTTAATCACATGGTATTACATACATCTTCTTTCATTGAGAAATTTATACAATAAATTCCAAGCAAGGACAAAGTAACTCGAAGAAGAAAACAAGGCAGTTTAGGAAACCTTTCTTTTTCTTAATTTGAATACTTGAGTCCAGTAATTCTGTGCGAAGGTTGTCTAAGATTGTGGAGCCATCACCTATCAGACAGAATATATTTCCTTTGCCTTCCATGATGTCACCCCTAATTCTCACA 1 0 3' arm Avena_barbata mirnest MIR444 2e-27 osa-MIR444c 4e-31 -127.7 .((....)).....((((.(((((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((......(((.(((((.......)))))))).)))((((((.((..(((....((((((.(((......((((((((..(((....((((....))))..)))..)))).(((.((....)))))))))))))))))).))).)).))))))((((......)))).))).)))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))).)))))))............. (-127.7)