mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCCCTCTGTCCCAAATT TCTGGGCTGGAGGCAGTATCT GTCAACTGCAAGTACTCCCTCTGTCCCAAATTATTAGTCGTTTTGATTTTTCTATGTGCATAGTTTTAGTTATGTATCTATATACGTGATATCTAGATGCATAGCAAATCTTTATAACTAGAAAAGTCAAAACGACTAACAATCTGTAAATCTGGGCTGGAGGCAGTATCTTTCATTGA AGGCAGGAGGTTGTGTTCTCAGGCTAGCTGGACTTTATAAAATAGATAGAGGTGCTCATGTATTTTGGTTGAGGAAAGGAACTTTGGACACACGACCAGATCATATCATCAACCAGATTCATTATGAGGATGCTGCTTCCCTTGCAATAGCGATCATGAAAAAGAGACTCTGGAATCAAATCTTTCTTGGCTGTGACAATAAGCCTCTTTCCAGGCAAGAAATAATGGACGCTGTCAACAGAAGTGGAAAATTTGACACAAGTTTGAAGGATTTACTGGTACTGACGGTCCATTGGGCAAGAGGATGGAGAACTCGAAAACTCAGGCTGAGATCGTGTGGGAGCCTAAGTATCCCAGCTTCACTGAATTCCTTGGTCTCAGTAGCTAGCAATATCCTTGCATAGTGTTCAGTTCTTCTGACTCGATTGAGTAGCAACCGCAATGAAGTCAACTGCAAGTACTCCCTCTGTCCCAAATTATTAGTCGTTTTGATTTTTCTATGTGCATAGTTTTAGTTATGTATCTATATACGTGATATCTAGATGCATAGCAAATCTTTATAACTAGAAAAGTCAAAACGACTAACAATCTGTAAATCTGGGCTGGAGGCAGTATCTTTCATTGAACTG 3 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.0000007 100 -59.6 .((((.((.(((((((.((((((.((((.(((..((((((((((((((((((((.((..((((..((.((((((((((((.(((.....))).)))))))))))).))...)))).))))))))))))))))))))))(((...))).))).)))).)))))).)))).))).)))))) (-59.6)