mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACAGGGATGAGGCAGAGCATG CTGGATTGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAAAAAAAACCGTTTCTTCCACTGCGAAAGAAGAGGGAGAGGGAGTTTGTGTGAGGTTCTTCATCAGGCACAAAAAAGATTGAGAGCTCCGCTGGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCCATC CCACGCGTCCGCGGACGCGTGGGCAGCAGGTTGCCAGGTTTGGACGTTTGGTTTGGTGTGCATGTTTTATGAGCACAAGGGGAGAGGGGGTGGTCTGGATTGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAAAAAAAACCGTTTCTTCCACTGCGAAAGAAGAGGGAGAGGGAGTTTGTGTGAGGTTCTTCATCAGGCACAAAAAAGATTGAGAGCTCCGCTGGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCCATCATATCCGGCCCATCATCCCTCCCTCTCTATCGATGCCCTTTTGTTTGTTTTTTTGCCTGCTTATTATTATCTTTTCATAGTACAAGTAGCAATTTTGGGTTTTTTTTCTTCTTGGCATTCTTTCTGGTATAGAGAATACTAGCTGCAACATTTCATATTGAACTAGCCTATCACATTTATTATTTGTACTACCGCTCTAGCCTCTAAGTAACCCGAATATTTTTTAACTCAAATCTATTTTCCACTTTCTTCCTCCCGTGGATGTTGAGACAAAACCTATGACTTCATGTGTTCTTATAGTGGACTCTATTTACTTGTACTTGAAGCTATTTTTAGTACAGATCAGGGGGGGACGCCACTCCGACGGATGGAAGGAAAGGCAACAGCTGAAGATTCAAGATTGCTCTGAACAAGGCCATTGGGCAAGGACAAAGAAATGCCTATTAGATGCCAATTCATAGTTACATTTCCAAATTTGTTTTTCATGTATCAATTTCTTCTGTATATACATATTGTATATACATATGTAATCTAGTAAAGAATAGGTTTTGGAGGAGCCAAGTCCCATGGTGCTTCGTCGGCGAGCTCTGCATCCGGCATGGTCGCGTAGCAGCTACTAGTTTGGGGCTCCATGGGGTGGCTGTCTTACTGCGGCGTGAAGGTTTGGGTGCGA 3 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR408 2e-16 sof-MIR408c 1e-17 -73.3 .(((...((((.((((((.(((((((.(((.((((.(((((...(((((......((((..((((((((.((........)).))))))))..))))..(((.(((((((.(((............))).))))))).)))...)))))..))))).)))).))).))))))).)))))).)))).))).. (-73.3)