mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATACTCCCTCCGACCCAAA TGGGTCGGAGGGAGTAGAACA GTAACTTTATAATACTCCCTCCGACCCAAATTAGTTGACTCAATTTTGTCAAGATACTGATGAATCTAATACTAAATTATGTCTAGATACAATTGAATCTAGATAAATCTAAGTCAACTAATTTGGGTCGGAGGGAGTAGAACAATGTGT GGACTATAGACTTGAGGGAAGCTGCATTGGCTCTGGCAACAATAAGTGGAGAGGACATATCCGAAGAAGTTCTCAGTAACATTTTCAGCAAATTCTGCATTGGAAAATGATACGCCCATGCTGGTCCTCGTTAAATGGCCCTTCCGATTACATTGAGCAGGCAGTTACATAGAATGATCTGAGCAATCCCCTGGCAGCTATCTATAGTGGCAGACGCAGAACGTCCATGAAACTGAAACCATCTCGTGGATTGGATCAAAGATTCTGAGCTAGAGATATACTTAAGTTGTCACTATTCTCCAAATTATCTGCGTTTTACGTGGAGACTCTTCCAAATGTGTAAGCTTAGTTTGGGATGTATTCATGCCCTGTTTAGTAACTTTATAATACTCCCTCCGACCCAAATTAGTTGACTCAATTTTGTCAAGATACTGATGAATCTAATACTAAATTATGTCTAGATACAATTGAATCTAGATAAATCTAAGTCAACTAATTTGGGTCGGAGGGAGTAGAACAATGTGTATACTGGCCTGATCATGGGCAGAACTGTATCAAATATAAATAGCTCATTTTTTGTGAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAA 3 0 5' arm Avena_barbata mirnest MIR1122 0.0001 far-MIR1122 0.0001 -57.9 ...((.......(((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((.((((..............))))))))).)))).))))))...((((....)))).))))))))))))))))))))))))))).......)).. (-57.9)