mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTGGTGGTCATCTAACC TTAGATGACCATCAGCAAAC AGCTCCGAACTTGTTTTGTTGGTGGTCATCTAACCATGCTCCGATCCGGTGCATGGATCATGGATTGCGGTCATGACCCATGACCGTCATGGACTGATCATGGTCTTGCGTGCGCGGTTAGATGACCATCAGCAAACATGTTCATGAG GACCTCGGTTCGGATAGGCGCCGAGACCGCGACGCTTTCTTTCTCCATCCCCTCCAACTCCAAGCAGCAGCTAGCCTTCCGTAGCTACTCCTCATTCCTGCTTTCTCGTTCCTTGGCGAGACTGGCTTGCGAGTAATGCAGCTCCGAACTTGTTTTGTTGGTGGTCATCTAACCATGCTCCGATCCGGTGCATGGATCATGGATTGCGGTCATGACCCATGACCGTCATGGACTGATCATGGTCTTGCGTGCGCGGTTAGATGACCATCAGCAAACATGTTCATGAGGCATGCAGAAGCAAACTGCTCCCTACCGATCAGAGATTACCACCGCACCACCGGCCACGACGACCTCGCCGAATGTAGAACCTTCACGAGGAGGCATGGCGTGCTTCGAAAGTTCTTCCAAGAAGTTGAAGGTAGCTGCACTGCTTCTCTTTGCGTGCTTCTGCCATCGGTTAAAATTTTGCTACTGAGTTTCGTGTGTTGTGCGCAGAAGTGAGAGTGCGTGTTTCGTGGAGATCCGAGTGCGATTGTTCTGTCGCTTGGACGCCCTTCACTCCGTGGAAAAAATGTTCATGCTTGCTCAGTTGCTAAAAAAAAAAAATTGTTCATCGCTTCG 0 1 5' arm Panicum_virgatum mirnest 100 bdi-MIR827 0.000000002 -62.7 ......((((.(((((.((((((((((((((((((.(((.(((...)))(((..(((((((((((.(((((((((...))))))))).)).......))))))))).))).))).))))))))))))))))))))))).))))..... (-62.7)