mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATGACCATCAGCAAACA TTTTGTTGGTGGTCATCTAACC GCTCCGAACTTGTTTTGTTGGTGGTCATCTAACCATGCTCCGATCCGGTGCATGGATCATGGATTGCGGTCATGACCCATGACCGTCATGGACTGATCATGGTCTTGCGTGCGCGGTTAGATGACCATCAGCAAACATGTTCATGA GACCTCGGTTCGGATAGGCGCCGAGACCGCGACGCTTTCTTTCTCCATCCCCTCCAACTCCAAGCAGCAGCTAGCCTTCCGTAGCTACTCCTCATTCCTGCTTTCTCGTTCCTTGGCGAGACTGGCTTGCGAGTAATGCAGCTCCGAACTTGTTTTGTTGGTGGTCATCTAACCATGCTCCGATCCGGTGCATGGATCATGGATTGCGGTCATGACCCATGACCGTCATGGACTGATCATGGTCTTGCGTGCGCGGTTAGATGACCATCAGCAAACATGTTCATGAGGCATGCAGAAGCAAACTGCTCCCTACCGATCAGAGATTACCACCGCACCACCGGCCACGACGACCTCGCCGAATGTAGAACCTTCACGAGGAGGCATGGCGTGCTTCGAAAGTTCTTCCAAGAAGTTGAAGGTAGCTGCACTGCTTCTCTTTGCGTGCTTCTGCCATCGGTTAAAATTTTGCTACTGAGTTTCGTGTGTTGTGCGCAGAAGTGAGAGTGCGTGTTTCGTGGAGATCCGAGTGCGATTGTTCTGTCGCTTGGACGCCCTTCACTCCGTGGAAAAAATGTTCATGCTTGCTCAGTTGCTAAAAAAAAAAAATTGTTCATCGCTTCG 0 1 3' arm Panicum_virgatum mirnest 100 bdi-MIR827 0.000000007 -62.7 .....((((.(((((.((((((((((((((((((.(((.(((...)))(((..(((((((((((.(((((((((...))))))))).)).......))))))))).))).))).))))))))))))))))))))))).)))).... (-62.7)