mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAATTGCCC GTATATCTCCTTTGGCACG CATGAATTACAGGGTATATCTCCTTTGGCACGGAGGCACGCAACCATCCGTAGGTATGTTAATGGATGGTGGCAAGCTGCTGGCTTGGAAGATGCAGCATAATAGCCGTGCGTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCGATTCAC GATCGGCGAGCGTCAAGGTTCAGAAACTTACAGGGAGAGGCTAGTAGGCATGTCAGCATGTGCTGAGCATGAATTACAGGGTATATCTCCTTTGGCACGGAGGCACGCAACCATCCGTAGGTATGTTAATGGATGGTGGCAAGCTGCTGGCTTGGAAGATGCAGCATAATAGCCGTGCGTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCGATTCACGGTTCTGTAATGTTTTTTTGTGTGATCTGACAGTTGATCGAGCTGTGTGTATAGATCCAATTAAGCACCAATATCAGATATTGGCTATGCAATGCGAGTACATCTGATCAGACTCTGTTCACTTCAGACAATTGTCGTGATCAGCTAGACTACCTTGCAGGTGTCTTCATCCATTACAATGGATCAAAGAAGTTAAGCTATCCTTCTGGCCCCAACCGCTCAAGAAAACATTTGAATTCATCTTCAGGACATAGTGAAGAGTGAAGAGTGGAGGCTTGTCAAATGCAGAGTGCCATTGGAGAAGGCGCTTCTCGAATCGTCACGCACAATAGCCTTGCTACCCCACTCGCTCGATCTGCCTGCTTGTCAAATTGTAAATTAGACACCAAGCTACTTTGTCATTTGAGGACTGAATACGTGACAGTGACTCCATACAGTCATCTAAATAGATGTACAGAACAATGTGTAGATGAAAGCAAATATATAGAGTAGCCATGTTTAGCTCAGAGAGAACAAAAAAATTGAGTAGAAGCAGGTCCATTGTGATAGCTACGGAGTAGAATACAAACCAAAAGGCTTGCTCAC 2 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest mir-399 0.000000000009 osa-MIR399c 0.0000000000005 -67 ..((((((.(((((((..((((((((((((((..(((..((.(((((((((..........))))))))).))..(((((....((....)).)))))......)))...))))))))))))))..))))))).)))))). (-67)