mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCAAAAAAC TTTTTAGGACGGAGGGAGTACA CCAAAAAGCACTACTCCCTCCGTCCAAAAAACAGTCATCTTAAAAATTCTAGTATAGATTAACAAAAAGATAAAATGACCATGTCTGCCCATACTTGTTATCTATATTTGGCACTAATTGATTTTTGCATGCACATGTTCTTTCTAAATAGGGTAAGATGATTTTTAGGGCAAAATTTGAATCCTAAAATGACTTATTTTTTTAGGACGGAGGGAGTACAATTTTGCG GAACTACCAATAAACATCTTTATTAGTTTTTTTTAAAAATAAAAATCTGCACTACTCCCTCCATCCCAAAAAGCACTACTCCCTCCGTCCAAAAAACAGTCATCTTAAAAATTCTAGTATAGATTAACAAAAAGATAAAATGACCATGTCTGCCCATACTTGTTATCTATATTTGGCACTAATTGATTTTTGCATGCACATGTTCTTTCTAAATAGGGTAAGATGATTTTTAGGGCAAAATTTGAATCCTAAAATGACTTATTTTTTTAGGACGGAGGGAGTACAATTTTGCGAGTCTAAGTACCGCCTCAACAATTCAATCTTGATCACTTTTATACAGCACGAAATTTTGAAAAGAAAAAGGACTTTTTCGAGCCAGAGGCTTGTGGAGCCTGCAAGGTGAACAAGTGGAGCCACAAGAGACCCTAGAGAGCTTCACTTCTGAAGGACAAACGAAGCTTCACTTCTAAAGGACAAACGACATTGTGTATCCCTCTGGATGCATCCTCTGCTTCCCTGTCCTGAGCATGGAGGGGTCTCTGTCATCCTCTGTTGCCTCCCACCGGACCAAATAGCCGTCCCAAGAAGAGCTGACAAGTGTGGGGAGGTACGGGTGCCATGAGCAGTCTCTAATGATGGACCCGTGCCATCTCAGTTTTTCAACAACCTTACCTGTCGCCACATCATAAATATAGACACATTGGT 1 1 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.0008 100 -51.3 .......(((.((((((((((((((((((((.((((((.(((...((((..((((((((.(((((..(((((.........)))))........)))))))))))))((.((.((((..((((...((((....))))((((.((......)).)))).)))).)))).))..))...))))..))).))))))...)))))).))))))))))))))......))). (-51.3)