mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCAAAAGATTCGTCTCGCAA GCGAGACGAGTTCATTAAGCC ACCAAATAAATTATAGATTCTACCTGTAAACTGCGAGACGAGTTCATTAAGCCTAATTAATTCGTCATTAGCAAATGTTTACTGTAGCACCACATTGTCAAATCACGGCGCNATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGCAAACTGTACNNCTGATTTTT ACCGCCTCTCCCCGCGCGTTGGCCGATTCATTAATGCAGCTGGCACGACAGGTTTCCCGACTGGAAAGCGGGCACGTGAGCGCAACGCAATTAATGTGAGTTAGCTCACTCATTAGGCACCCCAGGCTTTACACTTTATGCTTCCGGCTCGTATGTTGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGACCATGATTACGCCAAGCTCTAATACGACTCACTATAGGGAAAGCTGGTACGCCTGCAGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGGCTAATAACCAAATAAATTATAGATTCTACCTGTAAACTGCGAGACGAGTTCATTAAGCCTAATTAATTCGTCATTAGCAAATGTTTACTGTAGCACCACATTGTCAAATCACGGCGCNATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGCAAACTGTACNNCTGATTTTTTTCGTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR442 2e-46 -40.5 ...........(((((.((.((..((((((.(((((((((((((..((.((((((((....((((.(((....(((((.............)))))....))).))))....)))))))).))..))))))))))))).)))))))).)).)))))............ (-40.5)