mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTTCCAAAATGT ATTTTGGAACGGAGGGAGTAT TTACCAGCTGGCATGCTTGCTACTCCCTCCGTTCCAAAATGTAGATCGTTTTGACTTTTCTAGATTCATAGTGTTTGCTATGCATCTAGATATAACATATGTCTAGATACATAGCAAAATATATGAATCTAAAAAAGTCAAAACGACCTATATTTTGGAACGGAGGGAGTATATCTTATGTCACCCTTTT GTGAAACTGCAACTCCCAGTAAAATCGACAAATGTTGTAAAACTGGGGGAGTAGCACACACAGAGGTGGGTAGCTAAACGGACAGTTACAGACTTACATTTACCAGCTGGCATGCTTGCTACTCCCTCCGTTCCAAAATGTAGATCGTTTTGACTTTTCTAGATTCATAGTGTTTGCTATGCATCTAGATATAACATATGTCTAGATACATAGCAAAATATATGAATCTAAAAAAGTCAAAACGACCTATATTTTGGAACGGAGGGAGTATATCTTATGTCACCCTTTTATGGCAACATCAGCGCAAAGCACAAATGCTACTGACCCAGGGGAGGTTATGGCACCATAACTGATGCTGCATAAGCAATTTGCCCAGGGAGGGCAAATGCAGCATCACATTGGAACTGTAACGTTCCTGGTGACTCTATTGTGAGGGTTTCCAGTCATATTGCATGTTACTGAAGCTGTTTGCTGACCTAAGTCCACCCAATAGCTGGTTTCCTATGTCATGCTGCTGATGATGCTGTTGCTGCTGATGTAGTTGACCCAATTGTGATAGGTCATGTGCACTGTGATTCATTCCCATCCTTGCGCCCATGGCCATTGGGTTGTTCGTCATTGCTGTTCTCATCCCATTACCGAAACTGCTCATGGCCCCAAACCCCATTCCTCCTATTCCTGAGTTATTTGTGACAGCACTGCCAAAGCAATTAACCCCATTAACACCAGGGTTAGTCCATTTGGTCTCTTCATATCATCCCTGACTGACCACTCCGTTCATCTGTGATGACATCAAAT 0 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 6e-23 tae-MIR1137 0.0002 -96.9 ........(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((((((((...(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))...)))))))))).)))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).....)))))))....... (-96.9)