mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTTACTCCCTCCGTTCCAAA CTGAATGGGGTGGAGTAGCTTT AAATTAAGGTTAGTTACTCCCTCCGTTCCAAAATGTAGCAGTGACTTCTGCTCCGAGACTTACGCACCATGACTCTGAACAACCACTAATGTGCCAATATGTCAGGGTGGAGACAACACCTTAAAAATGGCTTTTATCTTGGCAACACCACAGTGAAAATAGATCTTCAAGTTCACGGACAAGTGCAAACAGAACAGCTGTGGCCTGCATAGTGCTTGCAGGGCTTCCATGTTTGCACCCCAGGTCACAGAGCTGCTTGAATCATGCTCTGAGCAGTCAGATAATAAAGTAATGGGACGATCTCATTCTACAGCTGCAGCCATCTGCCATTATGCAGACTTGAATCCATGTCAACAACTCGTGTGCATACAAAGGTACCAGAAGGGGAGGCTCGTAGTCTTTTTCAATACAATCAGACGCAATTGCTGAATTAGTTTTAGGAGTGTTTAAGAGCAACTAATGCCATCGGGGGAGCTGCTGGGCCCTATTGTATATAGCGGTGACAGTCTGACAGATGTAGCTGAATGGGGTGGAGTAGCTTTGCTTATCA AACAAAATGCTATACTACTTGAAGACAAAATATACCCATGAAAAGTACATTCAAAAGATAGAGCAAAGGATTTCGTACAACAAATGCTAGCGAATTATTCAGTGAAAATTAAGGTTAGTTACTCCCTCCGTTCCAAAATGTAGCAGTGACTTCTGCTCCGAGACTTACGCACCATGACTCTGAACAACCACTAATGTGCCAATATGTCAGGGTGGAGACAACACCTTAAAAATGGCTTTTATCTTGGCAACACCACAGTGAAAATAGATCTTCAAGTTCACGGACAAGTGCAAACAGAACAGCTGTGGCCTGCATAGTGCTTGCAGGGCTTCCATGTTTGCACCCCAGGTCACAGAGCTGCTTGAATCATGCTCTGAGCAGTCAGATAATAAAGTAATGGGACGATCTCATTCTACAGCTGCAGCCATCTGCCATTATGCAGACTTGAATCCATGTCAACAACTCGTGTGCATACAAAGGTACCAGAAGGGGAGGCTCGTAGTCTTTTTCAATACAATCAGACGCAATTGCTGAATTAGTTTTAGGAGTGTTTAAGAGCAACTAATGCCATCGGGGGAGCTGCTGGGCCCTATTGTATATAGCGGTGACAGTCTGACAGATGTAGCTGAATGGGGTGGAGTAGCTTTGCTTATCATCTGAACTTCCAGGAGCCAATGTTTTAAATGGTAACGGTGTTTGAGGCTTTCCTTATCATCTCACCTGCATAAACAAATTCAATGTCAGATTTGTTGGAATAACCAAATGACATCTATCTGT 4 1 5' arm Panicum_virgatum mirnest 100 tae-MIR1137 0.0005 -132.5 ......((((.(((((((((((((((((.....(((((.(((((..((...((((..((((..((((..((.((.(((((.((........((((((((.(((((((((.......)))))......))))...))..))))))........))(((........)))..))))).)).)).))))...(((.....((((((((((....((((..(((.((...)).)))..))))..))))))))))..))).((((....((((...)))).))))......))))..))))..))..))))))))))((((((.((.((((((..(((((.(((.((....)).))).(((.....))))))))....)))...))).))...(((...((((.(((((.(((((..((.((.((((((....)))).)).)).)).))))).)))))..))))..))).(((((...(((((((.((......))...))))))).....)))))....)))))).)))))))).)))))))))..)))).... (-132.5)