mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTTCCATAATAG ATTTTGGAAAGGGGGAAGTAC AAACATATTGTACTCCCTCCGTTCCATAATAGATGTCTTAGGTTTTTCAAATTTTAGATAAATCTATATGCTAAATAGTGTCTAGATTCATTCAAATTTTAACAAACTTGAGACATCTATTTTGGAAAGGGGGAAGTACTGTACTTT GTGGAAAATGTTACTAACATTTTACTTTTCAGGCCATCTTGGCAGCATACTTTTCATTGCAAAAGAATTAAAAAAACAAGAAATTCTGCATGCTGCCTCATGTCCTCGTGTATAGCTTAATAACCAAGAAATGAAACATATTGTACTCCCTCCGTTCCATAATAGATGTCTTAGGTTTTTCAAATTTTAGATAAATCTATATGCTAAATAGTGTCTAGATTCATTCAAATTTTAACAAACTTGAGACATCTATTTTGGAAAGGGGGAAGTACTGTACTTTGCATGTTCTCATCGTTCGCCAAGCTAAGCATTCTCTCCTACACCTATTGACGATTAACTGAAGAATGTCCGGAGAACGGTGTCTCCGAGGCCTGGAACGGCCGAGAGGAAGTGGCCGGTGCCGGGGAGCTCGTGGTAGTTGACCCACCCGAGGCTCCCGGCGACATGCCGCTGCAGCGCGACCGGCACGAGGCCATCCTCGTCGCCCTGCCACAGGTGCACCGGGCAGCCCTTGGGCGGCTCCGGCAGCGCCATCGGGTCGAACTCCCAGTTGCCGAACATGACCGCCATGTCCCTGTAGTAGGACTCCTGGATCCCTTGCTGCGTGGCCATCTCCCTCTTCTTCTGGAGGGTGCCGTCGGCGGTGAGGGTACGGCGGATCTCGGCGTCGCGCTTGTTGGGTAGGTACGTGGTGTTGTCGACGACG 3 0 5' arm Avena_barbata mirnest MIR1122 0.0000000006 tae-MIR1137 0.0001 -54.2 .....(((.(((((.(((((.(((((.((((((((((((((((((...(((.(((.(((.((((((.(((((....))))).)))))).))).))).)))...)))))))))))))))))).))))).))))).))))).))).... (-54.2)