mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCAAAATG TTTTGAAAAGAAGGGAGTACT CCATAATATATTACTCCCTCCGTTCCAAAATGTAGGTCGTTTTGGCTGTTTTAGATTCATAGTGTTTGCTATGCACATAGAGATAACATATGTCTAGATACATAGTAAAATATATGAATCTAGAAATGTCAAAAGGACCTACATTTTGAAAAGAAGGGAGTACTAAAAAGAT ATATCACACATGCATGCATGCATGCCACATTATTATTATTACAAGCATTACATGTCTTCTGTATAACAATACACATTGGTGCACCACAGTTCAACACCATAATATATTACTCCCTCCGTTCCAAAATGTAGGTCGTTTTGGCTGTTTTAGATTCATAGTGTTTGCTATGCACATAGAGATAACATATGTCTAGATACATAGTAAAATATATGAATCTAGAAATGTCAAAAGGACCTACATTTTGAAAAGAAGGGAGTACTAAAAAGATGACACTTATTCATTATGGGTATGGGGCGTAGGGTATACTCCGTATATATGGGAAGCAGGCTAGTGCAGGCATTCCTATTACCAGAAACCCGCTTCTTAATGGAGGACGCACTCGTTCAGCAATTTATGTATTGGGTCCGCCAGTTTTGAGCACTTTGAGTACGCATCCACCTCGATGTACATGCTGTCCATAGTGCGCACAATATCTATCAAGACTGTCAGCAGTGGAACAGGTACTGTAACGTTGCTGAGAAACTCTTGATTGATTCTCCTCCAGTGCTCCTCGAGAAGTCCGTGCAACGCCTTTTTTGCTTGTTGGGACCGTTGCGCCGTGCTCATTAACATAGCAATCGACTGCAGTAAAACACTTGCTTCTGTCTTCTTTCTCGTTTGCTTCCTTCACATAATCAATACCCATCGGTGAAGCACCAT 4 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.0000000007 tae-MIR1137 0.0001 -64.4 ........((.((((((((...((.(((((((((((((.(((((((..(((((((((((((...(((((((((....((((.(((...))).))))....)))))))))...)))))))))))))..))))))).))))))))))))).))...)))))))).))....... (-64.4)