mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCAAAATG TTTTGAAAAGGAGGGAGTACT CCATAATATATTACTCCCTCCGTTCCAAAATGAAGGTCGTTTTGGCTGTTTTAGATTCATAGTGTTTGCTATGCACCTAGAGATAACATATGTCTAGATACATAGTAAAATATATGAATCTAGAAAAGTCAAAACGACCTACATTTTGAAAAGGAGGGAGTACTAAAAGGAT GAGAAACTAAGACAATTTTAATTCCTTTACATCACACATGCATGCATGCATGCATGCCACATTATTATTATTACAACCATTACATGTCTTCTGTATAACAATACACATTGGTGCACCACAGTTCAACACCATAATATATTACTCCCTCCGTTCCAAAATGAAGGTCGTTTTGGCTGTTTTAGATTCATAGTGTTTGCTATGCACCTAGAGATAACATATGTCTAGATACATAGTAAAATATATGAATCTAGAAAAGTCAAAACGACCTACATTTTGAAAAGGAGGGAGTACTAAAAGGATGACACTTATTCATTATGGGTATGGGGCGTAGGGTATACTCCGTATATATGGGAAGCAGGCTAGTGCAGGCATTCCTATTAACAGAAACCCGCTTCTTAATGGAGGACGCACTCGTTCAGCAATTTATGTATTGGGTCTGCCAGTTTTGAGCACTTTGAGTACGCATCCACCTCGATGTACATGCTGTCCATAGTGCGCACAATATCTATCAAGACTGTCAGCAGTGGAACAGGTACTGTAACGTTGCTGAGAAACTCTTGATTGATTCTCCTCCAGTGCTCCTCGAGAAGTCCGTGCAACGCCTTTTTTGCTTGTTGAACCGTTGCGCTGTGCTCATTAACATAGCAATCGACTGCAGTAAAACACTTGCTTCTGTCTTCTTTCTCGTTCTCGTGTCCAGCAACGTCATCCATCAATCGGCACATGGGTTGCTGCAATCTCTATGATTTTAGGGTATGAACCAGACCAGCTCAAAACTTCATCCTTTCGCGTT 2 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.000000000003 tae-MIR1137 0.0001 -74.6 ........((.((((((((((.((.(((((((.((((((((((((((.(((((((((((((...(((((((((...(((((.(((...))).)))))...)))))))))...))))))))))))).)))))))))))))).))))))).)).)))))))))).))....... (-74.6)