mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTTCCAAAATAT ATTTGGAAAGGAGGGAGTAG ACTTGAGAGCTACTCCCTCCGTTCCAAAATATAGATCGTTTTGGTTTTTTTAGATTTCTAGTAATTGATATGCACCTAGATATAACATATGTCTAGATACATAGCAAAATATATGAATCTAGAGAAGTCAAAACGACCTACATTTGGAAAGGAGGGAGTAGTCAATACA GCAAACATGGTTCTATAGTAAAATTTTCAAGCGTTATACAGGTCCATGTCCATCTAATAAACTGCAAAAGATTGTAACAATAAGACTACTTACGTCCAACATTGGATCCGAGTTTTCTATTAAGACTTGAGAGCTACTCCCTCCGTTCCAAAATATAGATCGTTTTGGTTTTTTTAGATTTCTAGTAATTGATATGCACCTAGATATAACATATGTCTAGATACATAGCAAAATATATGAATCTAGAGAAGTCAAAACGACCTACATTTGGAAAGGAGGGAGTAGTCAATACAACTTCTACTGCTTCAGCAGTGGAAACAGCAGACTGGAACAATTACATGGGCCTTGCGAGTTGCAAAGCCAGCAGTTACAGGTTTACAGAACATATGTACACTGAGACAATTGAACAATTTGTAGGATTACAATGAATGTAGGTCCCAATAAACAGAGGCTGCTTCCAATCTTCAAGGAAGTTTAGTATCTAAAAAAACTAATCTGATTATGTTGAGTAATTATCGATTCCAGTGGAACAAAGCGTCAGGACCTCCGAAACAAGGCAGTTTGCTGAACAACTTCTGCCACGTATTCCCCTCAGTTCTGTCAGTGAGTTGGGTCTAAGTAATACCCCGTAATAACATTAGACGTGTATTGCAATCCTTTATCCCTGACTCAGTATCCTTTAAATAATGGTAAGATGCACATTAGTATTTACGT 4 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.0000000000002 tae-MIR1137 0.0005 -62.1 ........((((((((((((.(((((((...(((.((((((((((((((((((((((.((....(((.((((...(((((((((...)))))))))...)))).)))....)).)))))))))))))))))))))).)))..))))))).))))))))))))....... (-62.1)