mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGAGTGGAGTGGAGTGGAGT TCCACTGCTTCACTTGCCC TGCTCCACTGCTTCACTTGCCCCAGAACGTGCGACCACGGGAAGACTGAGAGAACACGGCTGCTTAAGCAAACGGACGGTTCTGATTCTAGTAGCGCGAAGTGTATCAGCTTCAGCTTCACTTGGAGTGTAGCATCGCTGCCTGGGTAGCCGCCCAAGCAGATGCCGCGAGAAGAGCGGGGACTTGCCGACGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGGCGTGGCG TGCTCCACTGCTTCACTTGCCCCAGAACGTGCGACCACGGGAAGACTGAGAGAACACGGCTGCTTAAGCAAACGGACGGTTCTGATTCTAGTAGCGCGAAGTGTATCAGCTTCAGCTTCACTTGGAGTGTAGCATCGCTGCCTGGGTAGCCGCCCAAGCAGATGCCGCGAGAAGAGCGGGGACTTGCCGACGGAGTGGAGTGGAGTGGAGTGGCGTGGCGGAGGAGGGAGCGATCTCTTTTTTCTTTCTTTCTTTTTCGTGTTTGGGTTTTTATGGGAGGCACCGACGGTCTGTGCGCTGGGCGGCGGCGCAGATCAGTCGAGGGGGTAGCATGTGTCCTCACCGCCCGTGTTCCATAGGAAGTGCGCGTAGGCCGCCGCGTGGTGCGCGTTGCCGGGGTCGGCGGCGATGGCCTCCTGGTACGTCTCCTCCGCGGCCGCCCTTTTTTTTTTTTTTTAGGAAAATGCAAATACTTATATGTAATTATCCAAATTTAAGATAATTTCGTCCAGGCCTACATCCTCATTCCCCAGAACAAATGCTTTATTCCTAGTATAAGCTGGAGGCTTGTAAGAGGCTAAGAGCTAATGAACAACCTCAAGAGACCAAAAGAGGTAAGGATCCACGTAGCATTACGAATGCAGACCAAAGAACTATGCTTGGGCTCTGACCGATCTCTCTAAGCCTTGATCTCCTCCTTGCCAGGAGGGAACTTGCGGAACTTGGGGAAGAAGAAGGGGTTCTTCTTG 2 2 3' arm Panicum_virgatum mirnest 100 cre-MIR1171 0.00001 -69.1 .(((((((((((((((((.((((....((((....)))).((((.((((....((((.((((((..((.((.((((....)))).)))))))))).....)))).)))))))).((((...((....(((.(((((...((.(((((....))))).)).))))).))).)).))))))))...........)))))))))..)))))))).((...)). (-69.1)