mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCCGTCCTAGAAT TTTGGAACGGAGGGAGTACAT GTAAAACTATCATACTCCCTCCGTCCTAGAATAGATGTCTCAAATTTGTTAAAATTTGGATGAATTGTCTAGATTCATCCAAATTTTAACAAATCTAAGACATCTAATTTGGAACGGAGGGAGTACATCAATTTTC AGCCTCGAAAGAATTCCTGAGGCTGGCACTCCTTGAGTCAGAGACCCTAAGATTTGAAGTTCTTGTACTGCCTTCTTTTGCAGATATAAAGTAAAACTATCATACTCCCTCCGTCCTAGAATAGATGTCTCAAATTTGTTAAAATTTGGATGAATTGTCTAGATTCATCCAAATTTTAACAAATCTAAGACATCTAATTTGGAACGGAGGGAGTACATCAATTTTCACGAGCTCTGGGAGCTCGCAGCTGCCATACGTTGTCTATACACATACACCAACGCAAAATCATTATACCCAGCGTTACAGAAGTCCAAAAAATCCAAAAACATTTTACGTGCAGCTGAGGGAACTATTGCCTATTGTGTACAAGGGGCCAACCAATGTAGAAACTTCTCCTGTCACGCCCACTATCATCGTCCTTGCCATCTGGATTCATCTTCACTATTATCCACTCATCCATGATTCATCCAAAGTTTCTTTTTGTAAGTAACCTTCTTCTTTTTTAAGCAACAAGGTCAAGCCAAAGTTCATGCTTCATTCATCGATGAGCATCAAGACACGGATGCCGATTTCTTGGAGCCACCATTGATCAAGCTTGCTAGTTTTACTCTAGGCTTGGAGTACTCACCACTCATAGCATGCTTGGCGGCAAGGCCGCTGCCGAAATCGGTGAAGTGCACACCGTCCCAGCTCAACACCTTCTCCTCTGGGCCCGCAGAGATCACCGCATCCATACTTTCCTGGGTTGAAGTTGTAAGCGGACCACCGTTTCCGC 3 0 5' arm Avena_barbata mirnest MIR1122 0.0000000001 tae-MIR1137 0.0001 -64.2 ............((((((((((((.(((((.(((((((((...(((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))))))))...))))))))).))))).))))))))))))........... (-64.2)