mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTGGCTTTCTTGCAAGTTG CTTTGCCAGAGCTACAAGT GAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTACAAGTAAAATAAG GGCAGCTAAAGTTTGTATTAATTAGTGTTCTTTTTTTGTTTCAGAATCAATTGGAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTACAAGTAAAATAAGAAGTATTCTCAGTTTCTGAGCTGCAAAAAATAATTTTGGAAAAACAATCGAGAAATGTATTGCATGATATATGAATATGCTGCTAAAAGTTAATCAATACTCATCGATACTCACTAACTGCACATGCTTTGCATTTGGGGTTAACATGCCTGGTTAATTTACATGCGAACATTTGGAACTATAATGCTGCAATTTAGTTATACAGTAGACATCTGAACATTTATGCTATGGTCTTTGTTACTGTAAATTTAATCAATACTGTTCCACTTCATGCAATGTTAACTAAGTTCAGGAGTTTGTAGCTGATCATTATGTTGGAACAATCAGTAGAGTAACATTGTTGCATTATAGTCACCCAACCTGATTTCAAGGTAAATTGAGCTTAGTTTATCTATTTTCCTAAAGAATGCTCTGTCTTGCATTCTCTCATGAGCATTTGTAGTTCTGTGACATTGTGATGTTCTCTTCTTAATATAATGATATGCAGCTCTCTTGCTTTTTCTAGGAAAAAAAACATTGTGATGTCTTCTTTTACATTGTTGATATTCTGTT 4 2 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR444 1e-31 tae-MIR444 1e-24 -28.2 ........(((((((((((((...(((((....(((((.(((......)))..))))).....))))).)))))))))))))....... (-28.2)