mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTGTTGCCTCAAGCTT GCATGAGGCAGGAACTGCATT TATTGCATGTGGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGGAAGTCACAAAATCAATTGGAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAG CCACCGCTCCCCGCCGCAATTAACAACGCGCTAATCTGCTCCGCGCGGCCCAAATCCCCCGCTAAACCGCTCCTCCTCCCTCCGCCAAAAAGCCAATCCCCTCGCTTTTCCTATCTCCACTTGGGGGGTTGGGGTTCTAGACTCGTCGATTCGGTTTCGATCCTTCTAGACAGTTCGCCGCGCCCGGCTATAAAAGCCGGCACCTCCCGCGGCCATCGATCGGCACATCAGCACTCGCACGCAGCCCTTTGCTCAGTGGCCGGGGTTGGGGTTCGAGACTCGTCGATTCCAAGCTATTGGCGTATTGCATGTGGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGGAAGTCACAAAATCAATTGGAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTACAAGTAAAATAAGAAGTATTCTCAGTTTCTGAGCTGCAAAAATGTATTTTAAAGGGTGCCATCTCCTTTTGCGCCATGTTCCGTAGCAGGGATGGTTTAAACCATCACTATGCCCAGCTCTGAAGCACGAATGGAACTTCAGATTGTTAGCATATTCAGTAATCACTGTGCCCACTTCTAAACTATTGGGATGAACCTTAGGGGTGTCTTGGCTTTAACCTCGATTTGGGACATAGATGTGTGGCTTCGCCAGCTGACTGCTGACTGCTGTGAAGACTGTATAGCCTCTGTAACTG 2 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR444 2e-46 ssp-MIR444b 3e-48 -72.5 ....(((...((.((((.(((((.((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((.....(((....))).....))))))))))))))))))).)))))))).)))))))).))))).))))..))..)))... (-72.5)