mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTGCCTCAAGCTTGCTGCC CACCAAGCATGAGGCAGGAAC GGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGGAAGTCACAACTCACAAAATCAATTGGAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTC CACGCTCCACTCCCGACACCTGTTCCGTTTAAAATCCCGGGCGTCGACGTGGCCGCGTGCGCAGCCACAAACCACCGCTCCCCGCCGCAATTAACAACGCGCTAATCTGCTCCGCGCGGCCCAAATCCCCCGCTAAACCGCTCCTCCTCCCTCCGCCAAAAAGCCAATCCCCTCGCTTTTCCTATCTCCACTTGGGGGGTTGGGGTTCTAGACTCGTCGATTCGGTTTCGATCCTTCTAGACAGTTCGCCGCGCCCGGCTATAAAAGCCGGCACCTCCCGCGGCCATCGATCGGCACATCAGCACTCGCACGCAGCCCTTTGCTCAGTGGCCGGGGTTGGGGTTCGAGACTCGTCGATTCCAAGCTATTGGCGTATTGCATGTGGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGGAAGTCACAACTCACAAAATCAATTGGAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTACAAGTAAAATAAGAAGTATTCTCAGTTTCTGAGCTGCAAAAGTAATTTTGGAAAACAATCGAGAAATGTGTTTCATGATATATGAATGTGCTGCTAAAGTTAATCAATACTCAGCGATACTCACTAACTGCACATGCTTTGCATTGGGGGGTTAACATGCCTGCTTAATTCACATGCAAACATTTGGGAACTATATGCTGCAATTTAG 3 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR444 2e-31 ssp-MIR444b 6e-37 -65.6 ...((((.(((((.((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........((.....)).........))))))))))))))))))).)))))))).)))))))).))))).)))).. (-65.6)