mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTGTTGTCTCAAGCTT GCTAGAGGCAGCAACTGCATA CGGCGGTGACAAGCTAGAGGCAGCAACTGCATATCTTGCAAGAAAATTGGTTTTCAGACCATACCTATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCC CCACGCGTCCGATTCCCTCCTCCTGTATGTAGCTTGTGCCTTGTAGCCCCTCACTCCCGAAATAGCAGCTCAGAATGGCTCCGCTCGCCTTTCGCGTCTCTCGAGCCGCAGCGGCGCGCCGTCGTCGTCTCAGATTAATGCAAGCGGCGGTGACAAGCTAGAGGCAGCAACTGCATATCTTGCAAGAAAATTGGTTTTCAGACCATACCTATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAACTATCAAGAAAGAACAGGTTATTCTATTGATGAACACATAGGTTAAAATTAAATGAATAAACATGTGTCTGTAACAAGCAGGACGTTAATTTATGAAATCTTGTTGGATGATGTAGCACTTCGCAGCATTATACTTAATATTGCAGATATTAGGTTCAAAACTTGGTTGTCCATTTTATAGCATGAAGTAGTATTTATTTTATTATCAGGAAATGAAAAGACCGGTTCTTCATATTGGCAATGTGGAGGTTATCTTAATGGTTT 1 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR444 4e-47 ssp-MIR444c 4e-47 -59.5 .((((((...(((((.(((((((((((((((((.((((((((((((((((((....)))))........))))))))))))).))))))))))))))))).)))))))))))... (-59.5)