mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTGTCTCAAGCTTGCTGCC TGACAAGCTAGAGGCAGCAGC TGCAAGGGGTGGTGACAAGCTAGAGGCAGCAGCTGCATATCCTGCAAGAAAATTGGTTTTCAGACCATACCTATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGC TCGCTTCCTCGCTCACTGACTAATGTAGCTTATAGCTTGTAGCTCCCTCACTCCCAAACTATCAGCTCAGAATGGCTCCGCTTGCCTTTAATTTCGCATCTCTCGAGCCGCAGCGGCACGCCGTCGTCGTCTCAGATTAATGCAAGGGGTGGTGACAAGCTAGAGGCAGCAGCTGCATATCCTGCAAGAAAATTGGTTTTCAGACCATACCTATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAACTATCAAGAAAAGCACAGGTTATGTTATTGATGAACACATAGGTCAAAATTAAATGAGTGAGCATGTGTCTGTAACAAGCAGGATGTTAATTTATGAAATCTTGTAGCATAAAGTAGCACTTCTCAGCATTATACTTATACCACAGATATTAGGTTCAAAACTTGGTTGTCCATTTTATAGCACGAAGTAGTATTTATTTTTATTATTAAGGAAATGCAAAAACCGGTTCTCCATATTGGCAATGTGTGGCTATCTCAATGGTTTCTTTTAGCTATGGTCATCATGCAGTATGCTAAGGTGGCGCTACTGAACTAGCACACTATGTATTTCGGCTGACACTGTTGCCACTGTGCAGTGTCAAGCTAACTCTATGATGAA 2 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR444 1e-47 ssp-MIR444c 2e-42 -64.8 .((((((((.((((.((((((.(((((((((((((((((...((((((((((((((((....)))))........)))))))))))...))))))))))))))))).)))))).)))).)))))))) (-64.8)