mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGTTCCCTTCCTTCCAATGA AGCTGCTGCTTGGATTTGAAGCGGAGTTCCCTTCCTTCCAATGAAGGGTCGTTCTGAAGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCGGCTTTGAGAGCGCGAGAGATTGTGAGGTCCGGTGAGATGGTTGGCTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGGCCGAGGAGCTGCATCGTCCCCTCGTTGACCGCTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTCCATCCTCCCGTATA GATCCCACCGGCAATAGATTCAGCTCCACCACGGCTTCTCTTGATCTCTCCTCCTCTTCGATTCGATCTGTTTTGCATAGCTCTGTTTAGTTTTGAGTTGAAGCTTCTCTCTTTTTTTTTTCCTTTCTAGCGTTAGCTAGCATCTAGTATGATGCTGATGCCATGGTCCTGGTGTTCTTGGCCTGAGTTTGATGCTCACTAGTAGCTGCTGCTTGGATTTGAAGCGGAGTTCCCTTCCTTCCAATGAAGGGTCGTTCTGAAGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCGGCTTTGAGAGCGCGAGAGATTGTGAGGTCCGGTGAGATGGTTGGCTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGGCCGAGGAGCTGCATCGTCCCCTCGTTGACCGCTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTCCATCCTCCCGTATATATACTGTGGGTGTTTATTTGCATCCATCTGAATCTGACTGTCCCCATCGATTGCTCCATTCCTCCCTGCCATGTCTGCTATTTTTTACATGCTTATTTCTGTGCTGCATCTTCCGATGCTTGCTTTGTCCAGTTCTACATATGTGTTGCCTACGAGGTGTAAAATTCCTGCTAGGAATTAAAGTAGATCAACAGGTATACCAGCAAACCATTCTCTGTTTTTTTTCATTAACCCCATGATGAGCTTGCTTCGTATTATTTTCTGGTGTCATGGCGGATCCAAGATTCAGCAGCTTGGCCTTGCCCGTGCTGAAGCTT 3 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR159 2e-29 sof-MIR159e 1e-33 -99.2 (((....))).((((..((.((((((((((((((..(((((...(((((((...(((.(((((((.(((((.((((.(((((....((((....((((((((((((..((.....(((((....))))).)).))))))))))))..((((((...)))))).))))....))))).)))).))))).)))).))).))).))))).))..)))))..)))))))))))))).))...))))......... (-99.2)