mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGA ATTGGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAAGGCCCTTTCGCTGGGTTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTAGTCCTATCTCATCACCTGGAGGGTTTATCTGAAAGAGAGGGTGAGATGAGTCATGAGTGGCCTGGTGTTTGGCTTGAGATAGGCTTTGTGGCTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCGTCTTG GACCCATGAACAGCAAGAAAGAATAGTCTAGTCCGGCCTTCCCCCACAGATTCCCCCTTCTCATGGCTCTCCTCTCCGTCTTCTTTTGAGTTCTCCTTTTCAAGTTTTGCTTCTTCTTCTTTTTTTTATCTTGCTTCTCCATTAGTTTATGGTGTTCTTGCAGATCTCGGGCTTTTCTTGTGCTTGGTCTCTGGTCTGACTGATGGTTGGATTGGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAAGGCCCTTTCGCTGGGTTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTAGTCCTATCTCATCACCTGGAGGGTTTATCTGAAAGAGAGGGTGAGATGAGTCATGAGTGGCCTGGTGTTTGGCTTGAGATAGGCTTTGTGGCTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCGTCTTGATCCCACAACGCCTCCTGCTTGCGTGTGTGTGTGTAGGTGATGAATAGAATTACAAGCTTAATCTGTGCTGTAACTGCTCGATTTATCTGTTTCACCATATAGTCAATCGAGTACGCTTGTAGATCTGGAACTAATAGGCCATACAATTTTTATCTCTGTTAACCTG 3 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR159 5e-33 sbi-MIR159 3e-34 -100.8 ...(((.(((((((((((.(((.(((((.((..((((.....((.(((.((((.(((((.((((.(((((....((((.((.((((((((((((..(((....(((((((........))))))).....))))))..((((........)))))))))))))))..))))....))))).)))).))))).))))..)))..)).))))..)).))))).))).))))))))))).))).. (-100.8)