mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGA GGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCCTTTCGCTGGGTTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCTCCTGGAGGGTTTATCTCAGAGAGAGAGGGAGAGATGAGTGGCCTGGTGTTTGGCTTGAGATAGGCTTTGTGGCTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGTTCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCGTC GGATGAACAGCAGGAAAGAATAGTCTAGTCCGGCCTTCCCTCCCAGATTCCCCTTCTCGAGGCTCTCCTCTATGTCTTCTTTTTCCTTATCCTTTTCAAGTTTTGATGCTCTTTTTTTTAAAAAAATCTTGATTGATTGGTGTTCTTGCAGATCTCGTGCTTTTCTTGTGCTTGGTCTTTGCTCTGACGGATGGTTGGATTGGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCCTTTCGCTGGGTTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCTCCTGGAGGGTTTATCTCAGAGAGAGAGGGAGAGATGAGTGGCCTGGTGTTTGGCTTGAGATAGGCTTTGTGGCTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGTTCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCGTCTTGATCCTACAACGCCTCCTCTGTGTGCCCCCCTCTAATGGCTGCTACGGTTGTCAACATTACAAGCTTAATCTGTGTTGTTATTACTCTTCAATTTATCTGTTCCCCCATACAGTCAATCAAGTACCCGTGTAGATCTGGAACTAATAGGCTATTCTATTAGTACTTATTTTCTCTCTCTTGTTAACCTGAACTTGCTTGGCCAAGTCACCTTCGTTTATTTATTCTATGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACAT 3 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR159 1e-30 sbi-MIR159 7e-32 -94.5 ....(((((((((((.(((.(((((.((..((.((....((.(((.((((.(((((.((((.(((((....((((...(((((((((...((.((.(((((((((((.............)))))))...))))....)).))..)))))))))....))))....))))).)))).))))).))))..)))..)).))))..)).))))).))).)))))))))))... (-94.5)