mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGATTGAAGGAAGCTCTGC GGAGCTCCTATCTCTCCAATG TCGGATGGCTGGATCGGAAGCGGAGCTCCTATCTCTCCAATGAAGGGTCGTTTTGATCGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTACCACTGACCTATCTCATCACATGGAGGTTTATCCGAGTGTTGGGGAGAGGGAGATGTGCTCAAATCAGTAGCCTGGTATTGACTTTGAGATAGGCTTGTGGCTTGCATGACTGAGGAACTGCACCATCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGAAGCTCTGCGTCTCGATCCCACAAGGC TCTCTATAGTTTCTTTTTTTCTTTCTGCATGTTTGATCTTTGTCTTTGGTCTGTCGGATGGCTGGATCGGAAGCGGAGCTCCTATCTCTCCAATGAAGGGTCGTTTTGATCGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTACCACTGACCTATCTCATCACATGGAGGTTTATCCGAGTGTTGGGGAGAGGGAGATGTGCTCAAATCAGTAGCCTGGTATTGACTTTGAGATAGGCTTGTGGCTTGCATGACTGAGGAACTGCACCATCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGAAGCTCTGCGTCTCGATCCCACAAGGCTGCTTCAGTTTGTGCGCCCTAAGTTGTCGCCACTTGGGATTGCTCGCTTAATCAGCGCTATATTT 4 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR159 9e-29 sbi-MIR159 5e-30 -91.6 .....((...((((((((.((((((((.((.((..(((((.((..(((((...(((.((((((((...)))))))).))).((((......))))..(((((.(((.((((......)))).))).))))).(((((.(((((((((...(((((((((((...((......))..))))))(((.....)))..))))).))...))).)))))))))..)))))..)).)))))..)).)).)))))))).)).))))))..)).... (-91.6)