mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAAGGGGCATGCAGAGGAG CCTGTGCCTGCCTCTTCCATT AGCAGCAGCAGTGGAAGGGGCATGCAGAGGAGCAGGACCTCCGGTTGGAAGCCGACCTGTGTGTGCTACCCTCGCTCACTCTCCTGTGCCTGCCTCTTCCATTCCTGCTGC ATGGCCGTGTTGTTAAGCAGTTTTTTAGTAGTAGGGCAGGGATCAGGGTTAGTTTTTCAGGCTGCAGCAGCAGCAGTGGAAGGGGCATGCAGAGGAGCAGGACCTCCGGTTGGAAGCCGACCTGTGTGTGCTACCCTCGCTCACTCTCCTGTGCCTGCCTCTTCCATTCCTGCTGCTACGCTGTGTTTGCAGGTGTCGGATCGGAGAGGATTGTGAGTAACAGAGGCAGAGATTGCAATCGCCATTTGCCCATTTGGGCAACGGCATTGGAATTGCACCTCTGCTACGGCATTGTAAGTTTGTCATACCTATTGGAATCTCTCTTATTCTTCTTCTTTTTCTTTCTTTTTTTCTTTTTTGTTAGCATGAGACATGGCACGCAGAGCTTCAGAAATGCAGATGTCGGAAGATAACCGCCTGCAAATGTAACCGCACCGGATTTGGGGCAACAATGTCCAAGTACTTAATATATTTTTCAC 2 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest 100 bdi-MIR528 0.00000000002 -53 .(((((((.(((((((((((((.(((.(((((((((.....((((.....)))).)))).(((.((.......)).))).))))).))).))))))))))))).))))))) (-53)