mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAAGGGGCATGCAGAGGAG CTCCTGTGCCTGCCTCTTCCATT TTCTGGCTGTAGCAGCAGCAGTGGAAGGGGCATGCAGAGGAGCAGGAGGTTTGGTTGGAAGCCGACTTGTGCTACCCTCGCTCGCTCTCCTGTGCCTGCCTCTTCCATTCCTGCTGTTACGCTATGT AGGGATGGTCATGTGGTTAAGAGCTTTTTTTAGGAGTAAGGGTAGGGATCAGGGCTAGTTTTCTGGCTGTAGCAGCAGCAGTGGAAGGGGCATGCAGAGGAGCAGGAGGTTTGGTTGGAAGCCGACTTGTGCTACCCTCGCTCGCTCTCCTGTGCCTGCCTCTTCCATTCCTGCTGTTACGCTATGTTTGCAAGTTTCAGAGCTTCAGAAGAGGTTCGCGAGTAACAGATGAAGAATTGTAAGATTCACATACACATCTGAAATTCTGAATCTGTTAGCAGGTGAGACGACATGGACAGCCCCAGGAATACAGATGTCTGACGAGAAACCACGACAGCAAGTGCCACTACACCGGATTTGGGGCAACAATGAGCAAGCACCTTAATATATTTTTCCCAGAACAGCATCTTTATAGATTGTGCAGCTGTATTCTCAAACTTTGCAGATTAAGATTCGTTCATTTCAGTTAAAAATGTAATACAAGCATGTGCTGCAAAGACATCAATTAGCAGATCCACTCAGTTGCTTACAGGGAGTAAAAAATGTACAATACAATCAACAAAAATGAACCTACAAACTACCCATATTCTGATTTACATTACCCATCTCTCCGGAGTCTGAATTAATCACCTGTCAAGCAGAAATACAAGTTACCTCTTTTGCTGT 1 2 5' arm Panicum_virgatum mirnest 100 sbi-MIR528 5e-19 -60.2 ...((((.((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((...((((((...))))))........)))).)).))))).)))))..))))))))))))).))))))))))))))... (-60.2)