mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACAGAGGGAGTACC TGCTCTCCTGTTCTAAAGGA AAATGCACTTATTTTGGAACAGAGGGAGTACCTACCAAATTCAGACAACAGTATATTTGGGTGGCAGCTGCCAGCTGGAAAAGATTGGAGGTTGCCATCCACCATCCTTGCTCTCCTGTTCTAAAGGAAGGGCACA CACTAAAGATACTTTACTAATAACTTATTTATTTTATGATTTACATAAAAAAATTCGATAAGACAAACGGTTAAACACGATTCCTGAAAGTAAAAAAAAAATGCACTTATTTTGGAACAGAGGGAGTACCTACCAAATTCAGACAACAGTATATTTGGGTGGCAGCTGCCAGCTGGAAAAGATTGGAGGTTGCCATCCACCATCCTTGCTCTCCTGTTCTAAAGGAAGGGCACACTTTCCTCAGCTAACCTAGTTCAGTATCATCCGCACAGCCCAGGGAGTTGTCTGCAGGCGAGATCTATCTCTTCCTCCGTCATTTCTACCGTGTCATCACTGTCGTAGTGATCATCACCTGATTTAAGTTTTCCTCCGCCGCTCGGTTACAGGCGAGCCGCTTTGATGCTTCTTCCCCTTCTTGTCGTCGCTGTCCATGCACGCAAACTCAGCCTGATAAATCTTCTTACATTTGATTGCTAGTTGCGAGAGTTGTTTTTTTGTCAGAGATGCATCTTTTCCGCTTCATCCAGTTTCAACAGTTCGTTGACAACATGGGGGACGAAGCTCCACTGCTCCGCCACTCCTTTCATATCCTTGCTCAAGGGATTCTATTCCATCTTGCAGACGAGACAAGTAATAACCCCTTCAGCAGCTATTGCCTTCATCTCACTTGGCTCTGGCTATCAGGAAAAAGCAAGAGACAGACAAGTCAGTCAGCAAAACAAGCTTTAAGATTTATCTGTAAAAAGAAAACATTGGGCACG 2 1 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR806 0.0001 osa-MIR1862d 0.00003 -45.2 ...(((.(((.(((((((((((.(((((((...................((.((...((((((((((((.((((((.....)).)))).))))))))))))..)).)))))))))))))))))))).))).))).. (-45.2)