mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTTATTTTATTTTTT TAGAGAAAAAAAAACAAAAA CGGTTTTTGTTTTTGTTTTTATTTTATTTTTTCTTTTTATTTATTTTTTCCGGAAAGGAGAGGGGTTAAGGAGACCCCACCAGCTACACGAAAGCGACAAAAAAAATAAAAAAGATAGAGAAAAAAAAACAAAAAACGCAAGA ACCTCTAACGAGAATCTGACAACACCGATTCACAGTCGGAACTCCAAACTCCAAATTTTCCACCCGGGCAAAGTTAGCTAGGTCCGGGCTACTGTGAACCATTTGTTTTTTGCTTCTGTTACTTCGTTTACTTCTCTTCCAGAAGAACATGACCCTTGACCATGACAAGCCCTTGCTTCTATTACACTCAGTCAGGCATGGTGGCGGGGCATACATCGAACTAATTAGAGCAGCCGGGGGTGGAGGAAGTGGAGGAAGTGACTCATGAGTCGTTGGATTGATGGGTGTACCCGGTTGCAATTCCCACTTAAATGGTACACCTTCTGTAGATCGATAATATATACGTGAAGAAAAACCTTTTGATGAATCTCTTGTAAGAAGTTTACAGGAGAAAATATCATCTCCTTGAAGTAATGAAACAATATTGTTTTTCTTCTCATTCGAGTTTTCACTCTCTAGGCTGGCAACAAAATTCTCGCAATTCATTTTTTTATGCTAGAAAATACCCGTAACTTGATTATATTGCGGTATGTTAATGCACTGTTTAGTATATATATAGCAGGGAGTACTCCTATTCGATTTTCTTCTTGACTTTCTTTTATGGATTTTTGAAGCTTTTTAGTGAATATTGAAAGCTGAAATGAGAATAAGGTTTTTGTATTTGAACTTAAGAGAGTGAGATTGGAGTTTATATAAGGTTTGAGTTAGTCTGTTGCAATATTGGGGAACAAGATCCATTGCTTTCGAATGTTGAAAGGCAGTTTCATTTCTAAATTTACGTTTTGGTTAGAGACTTATGTTGAGTATGAGTCGACTATTTTTGTGTTGCGGCTATCACATGTGATAACCCAAAACCATAAGACTCGGGTAATTAATAATGGCTTCAGTCGGTTTTTGTTTTTGTTTTTATTTTATTTTTTCTTTTTATTTATTTTTTCCGGAAAGGAGAGGGGTTAAGGAGACCCCACCAGCTACACGAAAGCGACAAAAAAAATAAAAAAGATAGAGAAAAAAAAACAAAAAACGCAAGACTAAACAAGGTAAAAAAAAAACCTCAGCCTAGCGAACTTGCTAGCGATAATACACTTTGTCATCGCATCTTCCATGATGATTTCCTCCATTCTTCCGCAGAAGACAGATTAACTCGACGATCTCCGAGGCCTAGAACTGGCTTATAATCGACGCACCAGCAATTGAGCTCCTCCCCC 3 1 5' arm Papaver_somniferum mirnest 100 100 -33 ....((((((((((((((((.((((.((..((.(((((((((.((((((((.....)))).((((((.....))))))....(((.......)))...)))).))))))))).)).)).)))).))))))))))...)))))) (-33)