mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCTCTGATACCACTTGATA TCAAGGGTACCTAGAGTCAGT CTAACCCTAGAAGTCAGAACGTGGCTCTGATACCACTTGATACGTAATCGATCAAGGGTACCTAGAGTCAGTGTTGTTTAATAGGAAATT CATCTAACCCTAGAAGTCAGAACGTGGCTCTGATACCACTTGATACGTAATCGATCAAGGGTACCTAGAGTCAGTGTTGTTTAATAGGAAATTAAGAAGAACGCAAAAAAAAAGATAATAAAATACAAAGAAAAAAACACGATTGATTCTTCTAACTTCTTCTTCTTTATAACTGTGAAAGAAAAAACTATTACAAACCAAAACTATGGCTGCACTCTCTCTCTCGAGTTTCTCTCCACCTGCTAACTTCTTCTTCTTAATTGCTTGAAAGAAAACTCTAATACAATCAATAAATGACTGCTCTCCCTCTCGTTTTCTCTACCTTTCTATCCTACAAGTCTCCCTCTTTTATATAGGTGTAAACTTGCTGGAAAAGAATTAAAGCTATGAGTTTTTAGAACTCATCTAAACTAGGAATCCAATCTAGTTAGGAAACCTCAAACTTCTAGGCCAAGTTATCAAACTTACACCTCTTCTAGTACCTTTTAGATACTCTAAACTAGGAATACAATCTAGTTAGGAAACCTCAAACTTCTAGGCTAAGTTAACAACTTACACCTCTTCTAGTATCTTCTAGTTACTCTCTAGACGTAATACGGCTTAATTAAACCTAGGCTAATGATTAGCCTCATCTGGCAGCTTTAGCTGTCCCTCTGCTTCTGTTATTTGCTTGTGTGAATATAATCTTCACATTACTTAAGTTTTGTGCATATAATCTGCACATCCAACTATCTAGCCGTTGATACAGCTCTGTGAAGATAATCTTTCACGTCACTCTTCTAGTCTTTATATGGCTCAACTTTTGCTATGATACTCCTGTATCAAGAGATGATGGTGATGGTCAGTGGCAGGTAGTCAAAAAACACAAGAATAAGGGTCTAACATGGCTAACCCAATCAGTGCCAGAGATATGGTCAAACCATATTCCAAAATCAGGTCAGGTGAGGAAGTCTAAAAGTTACGGAAAAGATACTGGTGATACTCAAGCAGTATGACAGTTACAGATTCTAAGCAGAAGCAGTGTCATGCATTTTCAGTTATAGAAATGAGATTTAATTAGGGAATATTGAGATGATAGGGGGGATTTTATCCATGAAGAATTATGGGGCTGATAATGTGGCATGATGAATATGGGTATTATAATCGATTCGGTTAAGGAAGTCGAGAACTTCATCTTTCCGAGGTTTAGCCACATATGC 2 2 5' arm Papaver_somniferum mirnest 100 100 -25.3 .....((((.(((.(((.((.((((((((.((((.((((((.........))))))))))..)))))))))).))))))..))))..... (-25.3)