mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTATTCCCTCCGTCCCACT TGGGGACGGGAGGGAGTACATAC TTGATTAATAATAGTATTCCCTCCGTCCCACTCTTAAGTGACCTATTTGAAATTTGCACAATTTTTAAGGCAATCAAAGGAAAATAGTATTTTTAATCATTTTTTACAATTATACCCTTATGATAATAACTAGTGAAATTTAAAAATGGGTTTATCTCTCAAAATACTCCACGGATGTCGCAAATTTCATACAATTGAAAGCATTTTAAACACCTATGTAACGAATATAAACATGCCTATCAAATTATACATATTTCATATATTATTTTATATACTAAAGGATAATTTCGGAATATCTCATTGTTTAGTGATTAGGTCACTTATCATTGGACAAATCTAAATCAATAGTCACTTAGAGTGGGGACGGGAGGGAGTACATACAGTAGTAT GTCAAGTAATGCTAGCTTGTAATTTTATGTGTGCTATTTATTTTCTTTTACTATGACCTTTACCTACACAGACTTGCCATTTTAATCTCTTTGTTTTATGGACGTACGGATTTAATTTTTTTGATGAGTTTATGTTATCGGACTTTTGTGCGGTGATAAGATTGATTTATCAAGCAGTGGGTAGTATCAATCTTAATCACAAACAGTTGTTTATGCTAATCCATCTTCATTTATATTTTGTCTCGTTAAAATTTCTTTTCATCGTTGTGATTCATAGTTAATGGAATATTCAGAGATACATGGCTTCAGGCTAGGTGCGTTGGAAAATGGTATTTTCATTGTTTTGTTGTTTTATCTGTAGTTAAAGTCAGAAACCCATATTTCGTACACTGAAAAAACACTTTATAGTTTTACAGTAAAAAGTCTGGAAATTTTCAATCGGTAGGTTTTTGCTTGCCGTGGAAGGTGATGGGAACTTGATGTGTGTTAAAATGAGTTTTGTACAACTGTCTCTATTCTTAACTCAGCTTTCTTGCCATTATTCTGGTCTGGATCAAAGATAAAAATGGTAAAGCTCAAGTCTCACGAGAATGCCACCGATTCAAAAGGTGTAATTGTAAATTAAAGTTTTGAATAACTGGAAAACTCACTTTTATCATTTAGATTTGTAGCGGCTTTTACAGTTAACCATGTAATTAGGGTTGATTAATAATAGTATTCCCTCCGTCCCACTCTTAAGTGACCTATTTGAAATTTGCACAATTTTTAAGGCAATCAAAGGAAAATAGTATTTTTAATCATTTTTTACAATTATACCCTTATGATAATAACTAGTGAAATTTAAAAATGGGTTTATCTCTCAAAATACTCCACGGATGTCGCAAATTTCATACAATTGAAAGCATTTTAAACACCTATGTAACGAATATAAACATGCCTATCAAATTATACATATTTCATATATTATTTTATATACTAAAGGATAATTTCGGAATATCTCATTGTTTAGTGATTAGGTCACTTATCATTGGACAAATCTAAATCAATAGTCACTTAGAGTGGGGACGGGAGGGAGTACATACAGTAGTATTCGGAGAATCCTAGGATTGATACTGTAAGACAAGCAATTATTCCCTCCCAAAAGGTGGTATCCCCATCCTCATGG 3 2 5' arm Papaver_somniferum mirnest 100 100 -76.7 .............(((((((((((.(((((((((.(((((((.(((((((((((((((((.((....((........(((.((((..((((((((((((((..(((..((((((....))))))..)))..)))))...))))))))).)))).))).........))....)).))).))))))))))((.((((((.(((((.((.......(((((.....))))))).))).)).)).)))).)).(((((((....((((((((.((...)).))))))))...)))))))....((((((((((((.((....)).)))))))))))).........))))))))))))))))))))...))))))))))).(((....))). (-76.7)