mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCAAATTA ATTAGGGACGGAGGGAGTAGT CCTCGAACAGTACTCCCTCCGTCCCAAATTAGATGAGCTAGTTGTAGTTTGCACAATTATTAAGGTAAGGAGGAAAGGGGAGTATGTTTAAGTATTTTTTTATAATTATATCCTTATAGATAATAACTAGTAAAATTTAAAAATGATTTATCTCTTAAACTATACCATGGTTTTTCGTAAATTTTATACTGTTAAAAAGCATTTTAAAACACCTACATAACGAATATAAACATGGCTATCAAATTATACATATTTCTTATAGTAACAATAATCAATTAAAAGGGTAGTTTTAGAAATATCCCCTTGATTAGAGAGATAGCTCATCTATTTTGGAACAAAATTTAAAACCAAACTAGCTCATCTAATTAGGGACGGAGGGAGTAGTACTTAGT CCTTTTATTATTATTAATTTCTTTATTTAATTTCTTTTAATTTTAATTTTCTTATTTAGTTTTGCATTATTATTATAATTTTAATTGTTATTAAAAAAATTATCTTTAATGTTTTTTTAATATTGTTTATTTGTTTATAATTGTTATCTCTATTGTAATTAGATTTTAAAGTTAAAAATGCATTGTTGTACTACATTCATCTTATTTTCATGCCAAACACCAAACATTAAATTACATGTAGTTTTAATGCATGACATAGCAACTACATGTAATTGGCAACTACATGCATTGCTAATACTGACGTGCCAAATGGACACTTAGTGTATTGAACACTTTTATATGCTTCAAAGAAGTTAAACCTTCCTTCAGATTTTTGTGTTGGTTTTTTCCTCGAACAGTACTCCCTCCGTCCCAAATTAGATGAGCTAGTTGTAGTTTGCACAATTATTAAGGTAAGGAGGAAAGGGGAGTATGTTTAAGTATTTTTTTATAATTATATCCTTATAGATAATAACTAGTAAAATTTAAAAATGATTTATCTCTTAAACTATACCATGGTTTTTCGTAAATTTTATACTGTTAAAAAGCATTTTAAAACACCTACATAACGAATATAAACATGGCTATCAAATTATACATATTTCTTATAGTAACAATAATCAATTAAAAGGGTAGTTTTAGAAATATCCCCTTGATTAGAGAGATAGCTCATCTATTTTGGAACAAAATTTAAAACCAAACTAGCTCATCTAATTAGGGACGGAGGGAGTAGTACTTAGTGCTTTTCATTTCACTCTCTTTCGGATTCCTTCAGTGTAGTTGTCGGAAATCCTACAACCTACACCCAAGTGATTCTATGAATAAAACTAAGACATCATAAAAAATCTCTAAATCCTTTTTATAAAAGTTAGAACAAATACAATGAGATATGAGGAACTTTAATTTGGAGAACAAACAACTTTCTCTCTCCTAATTTCTCACTAAAGTCTCAAAACAGGTATCTCTCTTACAATGGCTCTTGTCCTTTTTATAGGGTACATAGGGAAGACAGCTAAAAAGCCTCTATTTCGGATCTGGCTCATAATATCATCGGGTTAACCTTAAAAAAACAAAGCTGGCTCCCATGTTTGGGGGGACTGGGGGACGCCGTGACTCGCCCGCAAGAAAATTTTGGACGCCTACGCCAGGTTATTTCCCGCCCTCTTTTTGGGTGGCCGGGATAT 1 0 5' arm Papaver_somniferum mirnest MIR1122 0.0004 100 -92.1 ..........(((((((((((((((.(((((((((((((((((...((((..((..((((((..(((((((.((.((((((((((......))))))))))....))...)))))))...))))))...)).((((((.....(((.(((((((((..(((((((((((.((.(((((.............((((((....))))))............)))))...)).)))))......................)))))).....(((((((......(((..((((...))))..))).)))))))))))))))).)))(((.....)))...)))))).))))..))))))))))))))))).)))))))))))))))......... (-92.1)