mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGGGACGGAGGGAGTATTA TTACTACCTCCGTCCCATTTA AATCATCTTTTATTACTACCTCCGTCCCATTTAAAGTGTCATATTTTGAATTTTCAAAGTCTTTATTTATAAACTTTGACCTTAAATAATTTTGTTTGCGTTCGATAATACTTGATGAAAGTTATATGATTCGAGTGTGTTTTAGAAGTGTTTTTATCGGTATAATTTTCATCAAGTTTTATATAACACAAAAAATACATAATTAAGGTCAAAGTATATAAATAAAGACTTTGAAAATTCAAAATAGGACACTTTTAATGGGACGGAGGGAGTATTATTATTATTA TTGAACCATAGTTTGTAATCCTTGTATTATTTTTATAAAAAGCGGTTGGACTATGCTGTGCTCTCGTCTTCGGATTATGCCTTCATGATTTATATCAAAAACCATTATGGTTATTGTTGGTCATGCAGAACAATCATCTTTTATTACTACCTCCGTCCCATTTAAAGTGTCATATTTTGAATTTTCAAAGTCTTTATTTATAAACTTTGACCTTAAATAATTTTGTTTGCGTTCGATAATACTTGATGAAAGTTATATGATTCGAGTGTGTTTTAGAAGTGTTTTTATCGGTATAATTTTCATCAAGTTTTATATAACACAAAAAATACATAATTAAGGTCAAAGTATATAAATAAAGACTTTGAAAATTCAAAATAGGACACTTTTAATGGGACGGAGGGAGTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCATTATTATTATTATTATTATTTTGGGATGCAGGTCGATGGTGGTTTGGGCCCTTCGACCATCGACATGGCAGCTGCTGCAGGTGCAAACTGCATTGTTGCTGGCAGTTCAGTGTTTGGAGCTCCAGAGCCAGCTCAAGTTATATCATTACTCAGAATAAGTGTTAACAAGGCGCAAGTAACTGGTTGACCATGTATGTCGCCTTAACCTTCTGAATGGTTTGAGTCAGCAGCGCGTGTGCTATGTACACTTAATACCTGAATACATGAT 2 0 3' arm Parthenium_argentatum mirnest 100 100 -116.5 ..........((.((((.(((((((((((((.((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.((...((.((((.(((..((((.(((((((((((((((((....((((......................))))))))))))))))))))).))))..))).)))).))....)).))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))).)))))))).))))))))))))).)))).))......... (-116.5)