mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT AGAGCTTTCTTCGGTCCACTC TAAGAGAAAGAGAGCTTTCTTCGGTCCACTCACGGGTTACGATAAGATATCAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCAAATACTAGGCCAAAATCTGTTTATAGTGCTTAGTAAATGATTGAATGATGCGGGAGACAAATTGGATCTTAAGTGTCCTGTATTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTATATTT AATTCTTCAACCCATAGACCATCTTTGCCCTACATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAATAACATTCAAGTCAATCCTTTGAAGCTAGCTCTCATGTTTCTTGATAATTGCCACATGGGTTCTTCAATTTGGATCCAGTTGATGCTTCTAATCTATATGAATTGTGTTGGTCAAGTTTTTTACAATGTTTTTTTGTTTTTAAAAAAATTAGGGTTTTGGTTGATGGGTAACTTATAAGAGAAAGAGAGCTTTCTTCGGTCCACTCACGGGTTACGATAAGATATCAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCAAATACTAGGCCAAAATCTGTTTATAGTGCTTAGTAAATGATTGAATGATGCGGGAGACAAATTGGATCTTAAGTGTCCTGTATTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTATATTTCTTTGTATCAAGAATTATTCCAAAGTTAACAACAAAGTTTTTACTCTTTAAAGGTTCATATATAAAGCTATATAAAGTTTAGACAAATATTACCAAGCTTACATAAAGTAACTTTACTAGTGTTTTGTTAAGTTCATATCAACACTTGCATAGTATGCAATAAATCATACTTACTGGTTAGGGTCTACGAAC 2 0 3' arm Parthenium_argentatum mirnest MIR159 5e-23 vvi-MIR319c 3e-24 -64.7 .......(((.(((((((((((((((((...(((((.(((..((((((.((((((..((.(((..(((((((..((..((((((((......(((....))).))))))))..))..)))))))..))).))...)))))))))))).))).)))))...))))))))))))))))).)))...... (-64.7)