mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGCTTTCTTCGGTCCACTC TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT ATAAGAGAAAGAGAGCTTTCTTCGGTCCACTCACGGGTTACGATAAGATATCAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCAAATACTAGGCCAAAATCTGTTTATAGTGCTTAGTAAATGATTGAATGATGCGGGAGACAAATTGGATCTTAAGTGTCCTGTATTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTATATTTC AATTCTTCAACCCATAGACCATCTTTGCCCTACATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAATAACATTCAAGTCAATCCTTTGAAGCTAGCTCTCATGTTTCTTGATAATTGCCACATGGGTTCTTCAATTTGGATCCAGTTGATGCTTCTAATCTATATGAATTGTGTTGGTCAAGTTTTTTACAATGTTTTTTTGTTTTTAAAAAAATTAGGGTTTTGGTTGATGGGTAACTTATAAGAGAAAGAGAGCTTTCTTCGGTCCACTCACGGGTTACGATAAGATATCAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCAAATACTAGGCCAAAATCTGTTTATAGTGCTTAGTAAATGATTGAATGATGCGGGAGACAAATTGGATCTTAAGTGTCCTGTATTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTATATTTCTTTGTATCAAGAATTATTCCAAAGTTAACAACAAAGTTTTTACTCTTTAAAGGTTCATATATAAAGCTATATAAAGTTTAGACAAATATTACCAAGCTTACATAAAGTAACTTTACTAGTGTTTTGTTAAGTTCATATCAACACTTGCATAGTATGCAATAAATCATACTTACTGGTTAGGGTCTACGAAC 4 0 5' arm Parthenium_argentatum mirnest MIR159 6.0E-23 vvi-MIR319c 3.0E-24 -64.7 ........(((.(((((((((((((((((...(((((.(((..((((((.((((((..((.(((..(((((((..((..((((((((......(((....))).))))))))..))..)))))))..))).))...)))))))))))).))).)))))...))))))))))))))))).)))....... (-64.7)