mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGCTTTCTTCGGTCCACTC TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT ATAAGAGAAAGAGAGCTTTCTTCGGTCCACTCACGGGTTACGATAAGATATCAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCAAATACTAGGCCAAAATCTGTTTATAGTGCTTAGTAAATGATTGAATGATGCGGGAGACAAATTGGATCTTAAGTGTCCTGTATTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTATATTTC AATTCTTCAACCCATAGACCATCTTTGCCCTACATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAATAACATTCAAGTCAATCCTTTGAAGCTAGCTCTCATGTTTCTTGATAATTGCCACATGGGTTCTTCAATTTGGATCCAGTTGATGCTTCTAATCTATATGAATTGTGTTGGTCAAGTTTTTTACAATGTTTTTTTGTTTTTAAAAAAATTAGGGTTTTGGTTGATGGGTAACTTATAAGAGAAAGAGAGCTTTCTTCGGTCCACTCACGGGTTACGATAAGATATCAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCAAATACTAGGCCAAAATCTGTTTATAGTGCTTAGTAAATGATTGAATGATGCGGGAGACAAATTGGATCTTAAGTGTCCTGTATTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTATATTTCTTTGTATCAAGAATTATTCCAAAGTTAACAACAAAGTTTTTACTCTTTAAAGGTTCATATATAAAGCTATATAAAGTTTAGACAAATATTACCAAGCTTACATAAAGTAACTTTACTAGTGTTTTGTTAAGTTCATATCAACACTTGCATAGTATGCAATAAATCATACTTACTGGTTAGGGTCTACGAAC 4 0 5' arm Parthenium_argentatum mirnest MIR159 6e-23 vvi-MIR319c 3e-24 -64.7 ........(((.(((((((((((((((((...(((((.(((..((((((.((((((..((.(((..(((((((..((..((((((((......(((....))).))))))))..))..)))))))..))).))...)))))))))))).))).)))))...))))))))))))))))).)))....... (-64.7)