mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACGGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAG ATAATGGTGCTCTTTCTATTCTTCCACGGCTTTCTTGAACTGCATGGGTTTTGATCTGTCAGATCTGTGTTTTTTTATATAATCTTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATAGAGACAGTATCAAAA CAAACTGTCTGTTTCATAAACCCTAATTAGGGTTTCCATGAAAAAGATTTGTAGATCTGAAAAACATCCATAATAATGGTGCTCTTTCTATTCTTCCACGGCTTTCTTGAACTGCATGGGTTTTGATCTGTCAGATCTGTGTTTTTTTATATAATCTTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATAGAGACAGTATCAAAACCAGTAGATGCAAAAAAGTTGCAGTATTTCTTTATTTTGATTTGGTTTTCTTGATCTTTAGTTTCTTATTCTTTTTTTTTTTTTTAGAACGGCTAACAAATAAATCTCGAGCACTCTCGGAGTACCCACTGACAAAGGAGTACTCCGAGAGTAACCCGAGTCTACCAGTAATTTCACGCCAGTTCCCGGGGAAAACCCGCCGCCCGAAGGCCCACTACGGTAAAACTCGGCCCACCAGCAGCATTTTGCTGCCGGCAGGACTCGAACTCCTCACCTCCATAAGGGAAGCAAGGAGGGTACCACTCCACCATAAGGGGATTGGTTTTAGTTTCTTATTCTGATTTAGTTTCTTGGTTAAAGGTTTTGGTTTTGATTTATTATTATGTGAGTTCTATGTGTTTCGTCAAAGAACCAGGGATGTTCGTCGGTTCGGTTTATACAAATTTTATGTAACTGAA 1 0 5' arm Parthenium_argentatum mirnest MIR396 0.0000000005 ath-MIR396a 0.0000000001 -54 ....(((((((.((((((((.((((((((((((.((((((((((.(((((..(((((...)))))...............))))).)))))))))).)))))))))))).)))))))).)))))))... (-54)