mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCCGACCCATATT TATGGGTTGAGGGAGTATCA AACAATGTTATATACTCCCTCCGACCCATATTAGTTGACTTAGATTCATCTAGATATGAATGTATCTAGTCAAGTTTTAGTGCTAGATACATCTGAATCTAGACAAATTTGAGTCAACTAATATGGGTTGAGGGAGTATCATTTTGCAG TGATCACGTCACTGCTGCTACAGTAAAATTTGAATAGCTGGTCTTCATGGGGTCATTGTTGTGGCGGACTGTTGGAGCTACTGTTGTTTTGAGTATTGGAGATAAATTCATTGGAGCTGTTACAATATATGATCTACCTTGAGACTATAGTTTGGCTTGCAACAAACAATGTTATATACTCCCTCCGACCCATATTAGTTGACTTAGATTCATCTAGATATGAATGTATCTAGTCAAGTTTTAGTGCTAGATACATCTGAATCTAGACAAATTTGAGTCAACTAATATGGGTTGAGGGAGTATCATTTTGCAGATAGGATTTACACACACCAAGTATGGCCTATAAATCATATTTGGCACAACGATATATTTGTATGCAGTTTATTGTAAATTTGTTATCAACAATATCCATCTGTCTTTTGTATGTCTTCACAATTTAATCCTCCTGATGACTAATTAATATCACTGATAACTTGGAGCCCCCAAGGAATTTGGTTTAAGTTGCCATTTTTGACAAAATGGCGGAAACTGGAAACAGACCAGCAAGTTTTTAAGTCCTATTTTTTGCGTCAAAAAGAGTTTTGAGGCCCTGTTCTACAGGACTACCAAGTTTTTCTGGATAACCACGTTATCCACCAGCCAAGTGTTATAATTTCTAGACATGAATCATGACTGTAATAATTTATTGGAGTTTTTCAGTTCTTTCATTACCAGCTGCCTATCCCTATTTATTGGGATGTAAAATACTGAAATCTTCATAAAGGAGCTTGTTTAATGCCAAAGTAATGTC 0 1 5' arm Avena_barbata mirnest MIR1122 0.0000000001 far-MIR1122 0.000002 -67.6 .....(((.((((((((((((.((((((((((((((((((((((((..(((((((.((.((((((((((.((........)))))))))))).)).)))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))).))...))). (-67.6)