mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAGCCGAGCTCGAGCTTAAG TCGAGCTCGAGCTCGGCTCAGC AGTCCATTATTTTTATTTAATATATTAACTAAAAAAAATAAACGAGCCGAGCTCGAGCTTAAGAACCAATGAGCCGAGCTCGAGCTTTGGGAGCTTTGGAAACAAAGCTCGAACCGAGGCGAGCTCGTGCTCGAGCTCTCATAAGTTTGTCGAGCTCGAGCTCGGCTCAGCTCGTTTGCAGCCTTAAAGATCCTTGCTTGATTTCATATT CTCGCGAGCTACTCGAGATCGGCTCCAGAAAAAGCTCGAAACAAGCTGAGCCTTATCGAGCCCGAGTTGAACTTGAGCCTAAAACAATACTCGTTTATTTATTGAGCCCGAGCTCAAGCTTGGCATGTGAAGCTCGTCAGGCTCAGGCTCGTTGAGCCTTAGTATAATATTAGTTTCGTTAATATTTAATAATAATTGCCACTCATTTAAAGCTGTTTAGTAAACGAGCCAAGCCCGAGCCTTTTAAACTTGTTTACGAGCCGAGCCCGAACATAAAATAAGCTTGTTTAGTAAACAAGTTCGATCCTGAGCTTTATCGAGCTCGCGAGCCTAAACGAGTCCATTATTTTTATTTAATATATTAACTAAAAAAAATAAACGAGCCGAGCTCGAGCTTAAGAACCAATGAGCCGAGCTCGAGCTTTGGGAGCTTTGGAAACAAAGCTCGAACCGAGGCGAGCTCGTGCTCGAGCTCTCATAAGTTTGTCGAGCTCGAGCTCGGCTCAGCTCGTTTGCAGCCTTAAAGATCCTTGCTTGATTTCATATTATAAAAAAAAGTTATCAGATTTTTGAACCACAAAACTATGTTTCTTGATTTCATTTTATATAAAAAAAAAGTCGTAAAGTTATCATATTTTTATAACCCCTCAAATTTATGATGGTAAAGAACCCTATTTGATTACAATTTATTAAAAAAAGTTTAGATTTTTAAACCCACAAAACTATGATGGTATGAA 3 0 5' arm Parthenium_argentatum mirnest 100 100 -81.7 .....(((.((((((.((((....)))).)))))).)))....(((((((((((((((((..((((....(((((((((.((((((((((((((((((....))))))))...)))....))))))).))))).))))......))))...)))))))))))))))))...(((...((((............)))).)))......... (-81.7)