mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGTGCCCGTCTTCTCCATC TGGAGAAGCAGGGTACGTGCA CAAGATCTATGACGTAGGTGCTGATCAAAATGGAGAAGCAGGGTACGTGCATTACTAACTCATCATGAGAACCTTGGGTCAAGGTTCCTAACCATGTAACCTTGGGTTAAGGTTCATGTTTGTGACTAAGGATCGTGTACATGTGTGTTAGTGATTCATGTGCCCGTCTTCTCCATCATGACCACCTACACCTTAACATCAAAG CTTGTACTGTCTTATGAACATGCACTACATTGTGCAGAGTTAAACACAAGATCTATGACGTAGGTGCTGATCAAAATGGAGAAGCAGGGTACGTGCATTACTAACTCATCATGAGAACCTTGGGTCAAGGTTCCTAACCATGTAACCTTGGGTTAAGGTTCATGTTTGTGACTAAGGATCGTGTACATGTGTGTTAGTGATTCATGTGCCCGTCTTCTCCATCATGACCACCTACACCTTAACATCAAAGATTACAAAGTTCCTACATTGCTACACTTTGAAGACTCGGACATATATGTAAGTCCCATTGTTAACAAAGATAAGGATTTTACATATTTGTTCCTCTTTATACTCATGCAAACATATAAAAAACCCATGTTTGATACACTTAGACCAAGCGTTGTGGAAGGGTGAAGGGTGGCGCGAGCCACCTGGCTTGCGTAGGTGGATCACGCACACCACAACTGAGTCGATCGAACGGTGGCGCGATCAGTGGCCCGCGATGGGGATCACTCCC 3 0 3' arm Parthenium_argentatum mirnest MIR164 0.00000001 ptc-MIR164e 0.0000000007 -67.5 .............(((((((....(((..(((((((((..(((((((((.(((((((((....(((..(((((((((.((((((((...........)))))))).))))))))).(((.(((((.......))))).))).))).))))))))).)))))))))..)))))))))..))).)))))))............... (-67.5)