mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAAGAAAAAGAAGTCGTTGA AACTCTCTTTTATTTCTTGTTTC AACAAACCTTTAATTTCATTTCCCTACTAAATAACTCTCTTTTATTTCTTGTTTCTTTTTTGCGTTGATCATATCATGTCTAACGAAGCAGTTTACCACCACGCCCCGAAAACCGAAGAGCCTTGCGAAACAACCACCACCACAGTGAAGGTGGAGGAGCCTGAGACCGTGGAGCATTCAGACCGTGGGTTGTTCGGTTTCGGGAAGAAGGAGGAGGAGGAGAAGAAGTGCGAAGATGCGGTGATCTCGTCCGAATTTGAACAGAAAGTTCAGGTTTCTGAACCCGAACCGAAATCAGAGGAGAAGAAAGAAAGCTTGCTTGATAAACTTCACCGATCTAATAGCGGCTCCAGCAGTTCTAGTGACGAGGAGTGTGAGGACGGAGAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGTCGTTGAAGGAAAAGATTGAAGGGCACAAAGAAAAG AAACTCTCTAATCTAATTCAAAAACAAACCTTTAATTTCATTTCCCTACTAAATAACTCTCTTTTATTTCTTGTTTCTTTTTTGCGTTGATCATATCATGTCTAACGAAGCAGTTTACCACCACGCCCCGAAAACCGAAGAGCCTTGCGAAACAACCACCACCACAGTGAAGGTGGAGGAGCCTGAGACCGTGGAGCATTCAGACCGTGGGTTGTTCGGTTTCGGGAAGAAGGAGGAGGAGGAGAAGAAGTGCGAAGATGCGGTGATCTCGTCCGAATTTGAACAGAAAGTTCAGGTTTCTGAACCCGAACCGAAATCAGAGGAGAAGAAAGAAAGCTTGCTTGATAAACTTCACCGATCTAATAGCGGCTCCAGCAGTTCTAGTGACGAGGAGTGTGAGGACGGAGAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGTCGTTGAAGGAAAAGATTGAAGGGCACAAAGAAAAGAAGGAAGAGGAAAAAGTCGAGAAGCATGAGGCCGACACAAGCGTCCCAGTTGAGAAATATGAAGAAGTAGCGGTCCCAACCCCGACTCCTGCCCCTGAGGAGAAAAAGGGGTTTATGGAAAAGATTAAGGATAAACTGCCTGGCGGACATAAAAAGACGGAGGAGGAAGCATGTTGCTGCTCCTCCTCCACCACCGCCAGCTCAGGTGGCACATGATGAAGAGGGTGAACATAAGGAGAA 4 2 3' arm Parthenium_argentatum mirnest 100 100 -102.5 ......((((((((((..(((((........((((...(((((.((((((.((((((((((.((((..(((((((.((((.(((...((..(((.((.((....(((((((.(((((.(((((.(((............((((.((..((((......))))...)).))))...........)))))))).)))))))))))).....)).)).)))((((......(((..((((.((((((..((.(((.(((((((((.....)))))))))(((((.............)))))))).(((.(((....))).)))))......))))))))))....))).)))).)).))).....))))..)).))))).)))).)))))))))))))))).)))))..))))..)))))))))))))))............. (-102.5)