mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGGTGGTGACGGGTGACGG GTCACCCGTCACCACCATGGT TTGTAATTCTCCGTCACCCGTCACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGG GAAAAAGAACAGTTAGAAAAAGAAAAAGTAAGTAGAAAACTTATTAGATACCACAGTCAAAGGTATCTAATAAGTTCTAACTATACCTACTATTGGATTTGAACCAATGACTCCCGCCGTATGAAAGCAATACTCTAACCACTGAGTTAAGTAGGTAAAATGATTTCCTTCACTTCTGAATCCCAAACAATTCGATTGGGGGTCAGTACACAAAGATTTAAAGTCATTTCTTCAAATTGCTCTCCATTTCTAAGTTCGTAGCCTTCGCAGTAGCTTCATCGATATTACCTACCAAATAAAAGGCTTGTTCAGGAAGACCGTCTAATTCTCCGGAAAGAATCAAATTAAACCCTCTAATTGTTTCTACTAGACCAACATATTTCCCAGCCGAACCGGTAAAAACTTCTGCTACGAAAAAGGTTGTGATAAGAAACGCTCAATTTTTCGTGCTCTTGCTACGGTTAAGCGATCTTCTTCGGATAATTCGTCCAAGCCAAGGATAGCTATAATGTCTTGAAGTTCTTTGTAACGTTGTAATTCTCCGTCACCCGTCACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCATTGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGTTGGGTCGATCGGTCCGCCTCTGGTGTGCACCGGTCGGGTCGTCCCTTCTGCCGGCGATGCGCTCCTGGCCTTAACTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGTGCTGTTACTTTGAAGAAATCAGAATCCTGTGGTGTTATCCCATGCTAATGTATCCAGAGCGTAGGCTTGCTTTGAGCACTCTAATTTC 0 0 3' arm Phaseolus_acutifolius mirnest SSU_rRNA_eukarya 8e-20 100 -60.8 ...(((((((((((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))))))))))))))))))))).. (-60.8)