mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCTCAAAATA TCTTGAGACTGAGGGAGTAGT TTTATCGTTTATAAGATATCTACTCCCTCCGTCTCAAAATAGATGTCTCAGATTTGTCAAAATTTGAATGAAACTAGACACAATTTAGTATATAGATTCATCGAAGTTTTCACAAATCTGAGACATCTATCTTGAGACTGAGGGAGTAGTTTTAATGTTCGT TGTTGCTGGAAGAATACAGACTGTTGTTGGTGATATAGCAACTCAAGGGGAGAGAATCCAAGCATTGCTTAGTTGGAGGGATCCTCGGGCCACATCAATATTTGTCCTATTTTGTTTCATCATCGCGATAGTGCTGTATGTTACACCCCTCCAAGTTCTTGCAGCCATAGGCGGGTTCTATGCCATGAGGCACCCAAGGTTCAGGCACAGGTTGCCTTCGACTCCAATAAACTTCTTTAGACGTTTGCCAGCAAGGACTGATAGCATGCTATGAAGTAGCTGGCATCTGGTGGCCTTACCGCTGTAATCGCTAGAAATACTGCATGCCTGTTCATGTAGTTTGCACTTTGCTGTTATCTGTAACTGTTTGTTGTTCAGGACTTAAGAGCCTGTTTCGTAGTAGTCATGGGATCCAGGGAATAATGTGTTGACAGCCTATTATGACTCACCAGGTTTTGTAATCATCTTTATCGTTTATAAGATATCTACTCCCTCCGTCTCAAAATAGATGTCTCAGATTTGTCAAAATTTGAATGAAACTAGACACAATTTAGTATATAGATTCATCGAAGTTTTCACAAATCTGAGACATCTATCTTGAGACTGAGGGAGTAGTTTTAATGTTCGT 2 0 5' arm Avena_barbata mirnest MIR1122 0.00000001 100 -68.6 .....((..(((.(((...((((((((((.(((((((.(((((((((((((((((((.(((((((..(((((.(((.((........))...))).)))))..))))))).))))))))))))))))))).))))))).)))))))))).))).)))..)). (-68.6)