mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCGTCATCATCATCACCT GTGGATGTGATGACATAATGGGG AAACGAGCATCATCATCATCTTCATCGTCATCATCATCACCTGTGTCTTCTAGTTCTCTATCTTCACTGTCCTCCAGCAATCATGCTGCGGATTCACATGGTTCCAAAGAGGTTGGAGAGGAGAGCTTTTACGACACAGGTGGATGTGATGACATAATGGGGTTGATCGGTGCTGGAGAT GACAGTGAATAGGTATGAATGTTTCATTCTAAGCACCCTTTAACCACGTCACTTTGTTGTAGGTTTGAATAGAACAGGTAAGAGTTGCAGGTTACGGTGGGTTAATTACCTCCACCCTGATCTCAAACGAGGGAAGCTGACATCCCAAGAAGAACACCTCGTCATGGAGCTTCATTCCAAATGGGGAAATAGGTTTGAGAACCATGCAGAAATTAAACTATAAGCTACCTGCTTATGACTCCAAATTTTTATCTCTTTCAATCTTTTCTTACTCTATTTATGTCTTTCATATTATTCACTCTTCACCTTATTTTGTTCATTAGTTACTTGAACTGTGTTGCTCACTTTGATGCTCCCTTGCAGATGGTCAAGAATTGCTCGGAAGCTACCAGGGCGCACTGACAATGAGATCAAGAATTTCTGGAGGACCCACATGAGGAAAAAGAAGGCTCTAGAGAAAAAACGAGCATCATCATCATCTTCATCGTCATCATCATCACCTGTGTCTTCTAGTTCTCTATCTTCACTGTCCTCCAGCAATCATGCTGCGGATTCACATGGTTCCAAAGAGGTTGGAGAGGAGAGCTTTTACGACACAGGTGGATGTGATGACATAATGGGGTTGATCGGTGCTGGAGATGAGGAAGGTGGTGAAAAGGGGTCTCTTTGGATGATAT 3 2 5' arm Phaseolus_acutifolius mirnest 100 100 -66.7 .....((((((((((....((((((.((((((((..(((((((((((....((((((((.((((((....(((((((((....))))).(((.((....)).)))...)))).)))))))))))))).....)))))))))))..))))))))...)))))).)))).))))))...... (-66.7)