mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTCCATATCTGGGGAGCTTC AGCTGCTTAGCTATGGATCCC TGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATTGAGGATCTTACTGGGTGGATTGAGCTGCTTAGCTATGGATCCCACAGTTCTACCCATCTGCATGTTTTGTGGTAGTCTTGTGGCTTCCATATCTGGGGAGCTTCATCTGCCTCTATAGTATCATCCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTA ATGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATTGAGGATCTTACTGGGTGGATTGAGCTGCTTAGCTATGGATCCCACAGTTCTACCCATCTGCATGTTTTGTGGTAGTCTTGTGGCTTCCATATCTGGGGAGCTTCATCTGCCTCTATAGTATCATCCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCCTTTTCTCCTTTTTTCTCATAAAACCTAGAAAGTTTAATCTTGAAGCAAATCACTTCATTCTTGTGAAAGGGTGTTGTCCTTTTCTATCTTCTCCCATGCTGTGTTCTTGCTTTGTAGGAACCTTGCTCAAGGTATGTGAATGTTTAGATCCATACTGAGTAATCTTGTGCAGCATAGAGTAATCTTGTCCAAGGTATGTGGAATGTTCATGTTTCTCATAATGGTGTTTTGGATCTGGATTTGTGTGTAGTTTTATTGTTGGTACTGTAGTTTTCAAGTTCCTTGTTATTATTTTCTTCCTAACTTCTTTCTGCA 5 0 3' arm Phaseolus_acutifolius mirnest MIR159 2e-22 pvu-MIR159a 7e-93 -77 ......((((((((((..(((((((..((((((..((((((((((((.(((((.(((((.((((((..((((((..(((((((...........)).)))))..))))))..)))))).))))).))))).))))))))....))))..))))))..)))))))..)))))))))). (-77)