mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAATTG GTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATTGAGGATCTTACTGGGTGGATTGAGCTGCTTAGCTATGGATCCCACAGTTCTACCCATCTGCATGTTTTGTGGTAGTCTTGTGGCTTCCATATCTGGGGAGCTTCATCTGCCTCTATAGTATCATCCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTA ATGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATTGAGGATCTTACTGGGTGGATTGAGCTGCTTAGCTATGGATCCCACAGTTCTACCCATCTGCATGTTTTGTGGTAGTCTTGTGGCTTCCATATCTGGGGAGCTTCATCTGCCTCTATAGTATCATCCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCCTTTTCTCCTTTTTTCTCATAAAACCTAGAAAGTTTAATCTTGAAGCAAATCACTTCATTCTTGTGAAAGGGTGTTGTCCTTTTCTATCTTCTCCCATGCTGTGTTCTTGCTTTGTAGGAACCTTGCTCAAGGTATGTGAATGTTTAGATCCATACTGAGTAATCTTGTGCAGCATAGAGTAATCTTGTCCAAGGTATGTGGAATGTTCATGTTTCTCATAATGGTGTTTTGGATCTGGATTTGTGTGTAGTTTTATTGTTGGTACTGTAGTTTTCAAGTTCCTTGTTATTATTTTCTTCCTAACTTCTTTCTGCA 3 0 3' arm Phaseolus_acutifolius mirnest MIR159 1e-20 pvu-MIR159a 7e-93 -77 ..((((((((((..(((((((..((((((..((((((((((((.(((((.(((((.((((((..((((((..(((((((...........)).)))))..))))))..)))))).))))).))))).))))))))....))))..))))))..)))))))..)))))))))). (-77)