mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCTGCTTAGCTATGGATCCC CTTCCATATCTGGGGAGCTTC ATGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATTGAGGATCTTACTGGGTGGATTGAGCTGCTTAGCTATGGATCCCACAGTTCTACCCATCTGCATGTTTTGTGGTAGTCTTGTGGCTTCCATATCTGGGGAGCTTCATCTGCCTCTATAGTATCATCCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTAC ATGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATTGAGGATCTTACTGGGTGGATTGAGCTGCTTAGCTATGGATCCCACAGTTCTACCCATCTGCATGTTTTGTGGTAGTCTTGTGGCTTCCATATCTGGGGAGCTTCATCTGCCTCTATAGTATCATCCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCCTTTTCTCCTTTTTTCTCATAAAACCTAGAAAGTTTAATCTTGAAGCAAATCACTTCATTCTTGTGAAAGGGTGTTGTCCTTTTCTATCTTCTCCCATGCTGTGTTCTTGCTTTGTAGGAACCTTGCTCAAGGTATGTGAATGTTTAGATCCATACTGAGTAATCTTGTGCAGCATAGAGTAATCTTGTCCAAGGTATGTGGAATGTTCATGTTTCTCATAATGGTGTTTTGGATCTGGATTTGTGTGTAGTTTTATTGTTGGTACTGTAGTTTTCAAGTTCCTTGTTATTATTTTCTTCCTAACTTCTTTCTGCA 4 0 5' arm Phaseolus_acutifolius mirnest MIR159 2e-22 pvu-MIR159a 2e-93 -78.7 .....((((((((((((..(((((((..((((((..((((((((((((.(((((.(((((.((((((..((((((..(((((((...........)).)))))..))))))..)))))).))))).))))).))))))))....))))..))))))..)))))))..)))))))))))) (-78.7)