mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTTGGTGGAGCGATTTGTC CGAGACCTCAGCCCTGCTAAG TGGTGGTGCATGGCCGTTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTTAATTCCGTTAAACGACGAGACCTCAGCCCTGCTAAGAAGCTGGCCGTGGAGGGT CTTGAACCTGATTCTCTTTATTGAAAGAAAATTAGAGTGCTAGAGTGAGGATCACTAGTTCAACTACTTGACAGACAAAACTCAGAAGCCAAAATAGTTGTTAAAAATTCATACAACTTCATTAATTAAACTCATCTCTTAATGTAAGTGGCTCCTCGGACAGTCACATGCAAGAACAATCTAATCTTCCTTATTGTGGCTAAAGTGGCATCTCAAAAAGCAAACAATGTAAAATCAACCCAAAGCCACCAGTGAAAACCACAAGTTTTAGATGAGATAAAAGAAACTCAACAAATAGATCTATGAAAGTTCTTTGGCAGCAGCAATAACAGCTTCCTTGGTGAGACCAAATTCCTTGTATATTTTTCCTGCTGGAGCACTTGCTCCAAATCGATCAATGCCTATGGCTTTTCCTTTGCTTCCAACAATCTTTCCCCACCCAAATGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTGCAAGCCAAATTAAGGTGAAACCGCGGAAGGCTCATTATATCAGTTATGGTTCAATAGATCGTACTCAGTTACTTGGATAACTGCGGAAATACTGGAGCTAATACATGCCAACAGAGTCCCGACCGGAGACGGAAGGGACGCTTTTATTAGATCAAAACCAATCGGTGGTTTCGGCCATCGTGCAGTCTGGTGACTCTGAATAACTTTGGGCTGATCGCACGGCCTTCGTGCCGGCGACGCATCTTTCAAATGTCTGCCTTATCAACTGTCGATGGTAGGTTCTGCGCCTACCATGGTTGTAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCGGCTCGGGGAGGTAGTGACGAAAGATAACGATACGGGACTCATCCGAGGCCCCGTAATCGGAATGACTACACTTTAAATCCTTTAAGGAGTATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGTGTCCCRCACCGTCGGGCGGTGAACCGACGGTGTCAAACTGACGCGATGCGGGACGTCCTGCCGGTGGCGTGCAGCTGCGCGGCCTTTCGGGGACGCGTGGGCGGCGCCGATTCAATCCCGTCGCGGTGCTCTTCATTGAGTGTCGAGGTGGGCCGGCACGTTTACTTTGAACAAATTAGAGTGCTTCAAGCAGGCTGGATATTGCCTGAATGCTAGTGCATGGAATAATGGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAACCAGAGGTAATGATTAATGGAGACAGGCGGGGGCATTCGTATTGCGACGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTYGCTTTTAGGACTCCGCTGGCACCTTATGAGAAATCAAAGTAGTTCGGTTCGGGTCGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACCCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTTAATTCCGTTAAACGACGAGACCTCAGCCCTGCTAAGAAGCTGGCCGTGGAGGGTTACCTCCACATAGCTATTAGACGGGATATGCCGCTTAGGCCACGGAGTTGAGG 4 2 5' arm Phaseolus_acutifolius mirnest SSU_rRNA_eukarya 7e-24 100 -36.7 ........(((((((((((((((((.(((.(((...((((((..(((((((...)))))))))))))..))).)))..)))))))))).)))))))...... (-36.7)